روش انجام PCR برای اتصال توالی ها با یکدیگر
یکی از روش‌های اتصال توالی ها DNA به یکدیگر استفاده از روش PCR می باشد. اصل کلی در اتصال توالی ها به یکدیگر در روش PCR وجود قسمت های همپوشان در انتهای توالی ها می باشد.
در هنگام PCR نواحی همپوشان قطعات به یکدیگر متصل خواهند و به عنوان پرایمر جهت تکثیر قطعات مورد استفاده قرار می‌گیرند و در نتیجه PCR و تکثیر توالی ها، قطعات به یکدیگر متصل خواهند شد که به این روش overlap extension PCR گفته می شود.
بعد از اتصال توالی ها به یکدیگر با استفاده از دو پرایمر در دو سوی توالی نوترکیب میتوان این توالی را تکثیر نمود.
از آنجایی که در اغلب موارد بین قطعاتی که باید به‌وسیله PCR به یکدیگر متصل شوند توالی همپوشانی وجود ندارد باید با طراحی پرایمر این توالی همپوشان را به انتهای قطعات اضافه نمود. طراحی پرایمر در نواحی اتصال قطعات به یکدیگر جهت ایجاد توالی همپوشان دارای اهمیت فراوانی می باشد. بهترین روش برای طراحی پرایمرها برای نواحی همپوشان این است که نیمی از توالی همپوشان بر روی یک پرایمر و نیم دیگر توالی همپوشان بر روی پرایمر دیگر قرار بگیرد. با این روش طول پرایمر بلند نخواهد شد و کارایی آن‌ها در PCR به دلیل توالی همپوشان بلند کاهش نخواهد یافت.
در اولین مرحله، هر توالی باید با پرایمرهای اختصاصی خود تکثیر شود که سبب ایجاد توالی ها همپوشان در انتهای قطعات ایجاد شود.
سپس در مرحله دوم، نواحی همپوشان قطعات به یکدیگر متصل خواهند شد و به عنوان پرایمر جهت تکثیر قطعات مورد استفاده قرار می‌گیرند در نتیجه قطعات به یکدیگر متصل خواهند شد
