در این بخش نحوه محاسبه ارتباط و همبستگی (Correlation) ژن ها با یکدیگر با استفاده از نرم افزار گرافپد پریسم به صورت کامل ارائه شده است نتایج این بررسی برای ترسیم شبکه های بیان ژنها کاربرد دارد.
نحوه خوانش فایل های حاصل از توالی یابی قطعات DNA، بررسی کیفیت خوانش ها و همچنین نحوه ادغام توالیهای دو سر یک قطعه DNA با یکدیگر با نرم افزارهای مربوطه در این قسمت آموزش داده شده است.
بررسی چرخه سلولی با استفاده از داده های فلوسایتومتری در این قست آموزش داده شده است. با استفاده از فلوسایتومتری می توان سلول ها در سه فاز اصلی سلولی (G1, S, G2/M) را بررسی نمود و همچنین امکان بررسی سلول های آپوپتیک نیز وجود دارد.
در نرم افزار متادیسک می توان متاآنیز بیومارکرها را در محیطی گرافیکی و به صورت مرحله به مرحله به انجام رساند. فیلم رایگان آموزش متاآنالیز برای بیومارکرها به زبان فارسی در این قسمت ارائه شده است.
وبسایت Hugo یک کمیته برای نام گذاری ژنهای انسانی می باشد. از آن جایی که ارائه نام صحیح و علمی ژنها در متون علمی مثل مقالات و پایان نامه ها بسیار ضروری می باشد، با استفاده از این پایگاه می توان اسم رسمی ژن ها را جستجو نمود.
در این آموزش ابتدا نحوه دریافت توالی یک اگزون از ژن در یاپگاه داده NCBI آموزش داده شده است، در ادامه نحوه طراحی پرایمر برای توالی یابی این قطعه با استفاده از نرم افزار primer 3 ارائه شده است.
اولین مرحله برای طراحی پرایمر به دست آوردن توالی ژن هدف می باشد، برای موجوداتی که توالی ژنوم آن ها در دسترس نمی باشد می توان با استفاده از دادههای RNAseq توالی ژن هدف را شناسایی نمود و برای این توالی طراحی پرایمر نمود.
بانک اطلاعاتی mirbase پایگاه جامعی از اطلاعات مربوط به توالیهای میکروارناها می‌باشد که به آدرس mirbase.org در دسترس است. با جستجو در این پایگاه می توان توالی میکروارنا در همه گونه ها را به دست آورد.
نرم افزار RNAhybrid یک ابزار بیوانفورماتیکی برای شناسایی ژن های هدف میکروارناها می باشد. علاوه براین با استفاده از این نرم افزار میتوان ساختار و نحوه اتصال میکروارناها به ژن هدف را به صورت کمی مورد بررسی قرار داد.
تا کنون با روش های آزمایشگاهی و به صورت تجربی بسیاری از ژن های هدف میکروارناها شناسایی و تایید شده اند. در این قسمت میتوانید میانکنشهای تایید شده بین میکروارنا ها و ژن های هدف را از پایگاه tarbase دانلود نمایید.
