توضیحات

آموزش تخصصی طراحی پرایمرهای exon-exon junction برای روش ریل تایم به روش سایبرگرین با استفاده از نرم افزار primer blast سایت NCBI

آموزش طراحی پرایمرهای (intron inclusion ( intron-spanning برای روش ریل تایم به روش سایبرگرین با استفاده از نرم افزار primer blast و نرم افزار primer3

 

در روش ریل تایم نیز مانند روش PCR ما نیازمند طراحی پرایمر می باشیم. برای طراحی پرایمر در روش ریل تایم علاوه بر رعایت نکات عمومی در طراحی پرایمر باید به یک سری نکته اختصاصی در طراحی پرایمر توجه نمود.

نکته اول در طراحی پرایمر در بررسی بیان ژن ها: پرایمرهای طراحی شده نباید بر روی توالی ژنومی متصل و محصولی را تکثیر نمایند.

اصل دوم در طراحی پرایمر برای بررسی بیان ژن ها این است که بهتر است پرایمرها برروی اگزون های سمت 3 پریم mRNA طراحی شوند.

اصل سوم در طراحی پرایمر برای بررسی بیان ژن ها این است که طول قطعه تکثیر شونده (محصول ریل تایم) باید بین 90 تا 200 جفت باز باشد.

سه اصل ذکر شده در فوق نکات اختصاصی طراحی پرایمر برای بررسی بیان ژن ها می باشد. اما پرایمرهای طراحی شده باید دارای یک سری اصول عمومی نیز باشند . این اصول شامل ویژگی هایی مانند طول پرایمر، دمای Tm ، مقدار و درصد بازهای  GC ، نحوه اتصال نوکلئوتیدهای انتهایی پرایمر می باشد.

در این آموزش در بخش مقدمه در مورد موارد فوق توضیحات کافی ارائه شده است و در ادامه نحوه طراحی پرایمرهای اختصاصی برای بررسی بیان ژن ها در ریل تایم به روش سایبر گرین به صورت عملی آموزش داده شده است.

موارد آموزش داده شده در این کتاب آموزشی به شرح زیر می باشد:

بخش اول: مقدمه 

آموزش مقدماتی ریل تایم پی سی آر (Real Time PCR) و کاربرد رنگ سایبر گرین (SYBR Green)

آموزش اختصاصی طراحی پرایمر برای ریل تایم ( Real Time PCR ) به روش SYBR® Green  

آموزش نکات طراحی پرایمرهای intron inclusion ( intron-spanning) برای بررسی بیان ژن ها در ریل تایم ( Real Time PCR ) به روش SYBR Green

آموزش نحوه طراحی پرایمرهای exon-exon junction برای بررسی بیان ژن ها در ریل تایم ( Real Time PCR ) به روش SYBR Green

آموزش نحوه طراحی پرایمرهای داخل اگزونی برای بررسی بیان ژن ها در ریل تایم ( Real Time PCR ) به روش SYBR Green

بخش دوم: دریافت توالی mRNA یک ژن جهت طراحی پرایمر برای ریل تایم 

آموزش دریافت توالی mRNA یک ژن در سایت NCBI برای طراحی پرایمر

آموزش دریافت مشخصات و توالی mRNA یک ژن در سایت NCBI

بخش سوم: آموزش طراحی پرایمرهای exon-exon junction و  intron inclusion ( intron-spanning)  برای ریل تایم با استفاده از نرم افزار primer blast سایت NCBI

بخش چهارم: آموزش طراحی پرایمرهای intron inclusion ( intron-spanning)  برای ریل تایم با استفاده از نرم افزار پرایمر 3 ( Primer3  )

آموزش طراحی پرایمرهای ریل تام با نرم‌افزار آنلاین پرایمر 3 ( Primer3  )

بخش پنجم:بررسی ساختارهای ثانویه پرایمرهای ریل تایم با استفاده از نرم‌افزار Oligo analyzer (IDT)