توضیحات

نام کامل اموزش:

فیلم فارسی آموزش آنالیز داده های میکرواری (بررسی تغییرات بیان ژنها) با استفاده از نرم افزار R بخش اول: آشنایی با پایگاه داده GEO و آموزش نرم افزار GEO2R

معرفی آموزش آشنایی با پایگاه داده GEO و آموزش نرم افزار GEO2R

این آموزش اولین بخش از آموزش آنالیز داده های میکرواری برای بررسی تغییرات بیان ژن ها با استفاده از نرم افزار R می باشد (برای مشاهده سایر بخش ها کلیک نمایید). در این فیلم آموزشی ابتدا انواع میکرواری و سپس مفاهیم و اصول آنالیز داده های میکرواری ارائه گردیده است در ادامه آموزش پایگاه های داده GEO dataset و GEO profile ارائه شده و سپس آنالیز داده های میکرواری با استفاده از نرم افزار آنلاین GEO2R آموزش داده شده است.

در این مجموعه آموزشی کاربردی، به‌صورت گام‌به‌گام یاد می‌گیرید چگونه داده‌های میکرواری (Microarray) را تحلیل کنید و تغییرات بیان ژن‌ها را با استفاده از ابزارهای قدرتمند پایگاه داده GEO و نرم‌افزار آنلاین GEO2R بررسی نمایید. این آموزش به زبان فارسی و با بیانی ساده تهیه شده است تا حتی افرادی که برای نخستین بار با این حوزه آشنا می‌شوند، بتوانند به‌راحتی روند تحلیل داده‌های بیولوژیکی را درک و اجرا کنند.

در ابتدا، مفاهیم پایه‌ای مربوط به فناوری Microarray، انواع پلتفرم‌ها و اصول آنالیز داده‌های بیان ژن توضیح داده می‌شود. سپس با پایگاه داده GEO (Gene Expression Omnibus) و بخش‌های مختلف آن مانند GEO Dataset و GEO Profile آشنا می‌شوید. در ادامه، نحوه جستجو، انتخاب داده‌های مناسب، و انجام تحلیل‌های آماری در محیط GEO2R برای مقایسه گروه‌های مختلف آموزش داده شده است.

در بخش‌های بعدی، روش شناسایی ژن‌های مشترک بین مقایسه‌های مختلف با استفاده از نمودار Venn، آنالیز داده‌های مربوط به پلتفرم‌های متفاوت و میکرواری‌های دو کاناله ارائه می‌شود. در ادامه، فراگیر نحوه دانلود داده‌های بیان ژن‌ها و رسم نمودارهای تحلیلی را با استفاده از نرم‌افزار GraphPad Prism یاد می‌گیرد؛ از جمله نمودارهای گروهی، Volcano Plot برای نمایش ژن‌های با تغییر بیان معنادار، و Heatmap برای نمایش الگوی کلی بیان ژن‌ها در نمونه‌های مختلف.

🔹 ویژگی‌های این آموزش:

• آموزش کاملاً عملی و گام‌به‌گام از سطح مقدماتی تا تحلیل داده‌های واقعی

• معرفی و استفاده از ابزارهای معتبر NCBI برای آنالیز داده‌های Microarray

• آموزش کار با GEO Dataset، GEO Profile و GEO2R به‌صورت کاربردی

• آموزش رسم نمودارهای تحلیلی و آماری در GraphPad Prism

• مناسب برای دانشجویان، پژوهشگران و علاقه‌مندان به بیوانفورماتیک و بیولوژی مولکولی

💡 با تماشای این مجموعه، یاد می‌گیرید چگونه داده‌های میکرواری را از منابع معتبر جهانی استخراج، تحلیل و به‌صورت حرفه‌ای تفسیر کنید تا نتایج پژوهشی خود را با دقت و استاندارد بالا ارائه دهید.

در فیلم زیر، می‌توانید بخش اول این آموزش را مشاهده نمایید.

 

اهمیت بررسی بیان ژن‌ها در پایگاه داده GEO با استفاده از نرم افزار GEO2r

تحلیل بیان ژن‌ها یکی از گام‌های کلیدی در پژوهش‌های زیست‌مولکولی و ژنتیکی است، زیرا به ما نشان می‌دهد کدام ژن‌ها در شرایط مختلف (مثلاً بیماری در برابر سلامت، یا تیمار در برابر کنترل) فعالیت متفاوتی دارند. این اطلاعات نقش مهمی در درک مکانیسم‌های مولکولی بیماری‌ها، شناسایی نشانگرهای زیستی (biomarkers) و حتی طراحی درمان‌های هدفمند دارد.

پایگاه داده GEO (Gene Expression Omnibus) یکی از بزرگ‌ترین منابع آزاد داده‌های بیان ژن در دنیاست که هزاران مطالعه‌ی میکرواری در آن ذخیره شده است. پژوهشگران می‌توانند بدون انجام آزمایش‌های پرهزینه‌ی جدید، از این داده‌ها برای تحلیل ثانویه (re-analysis) استفاده کنند و به یافته‌های ارزشمند دست یابند.

نرم‌افزار آنلاین GEO2R ابزاری ساده اما قدرتمند است که مستقیماً بر روی داده‌های موجود در GEO اجرا می‌شود. این ابزار امکان مقایسه‌ی گروه‌های مختلف نمونه‌ها را فراهم می‌کند و با محاسبه‌ی مقادیر آماری مانند LogFC و p-value، ژن‌هایی را شناسایی می‌کند که تغییر بیان معنی‌دار دارند.

از مزایای استفاده از GEO2R می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

• عدم نیاز به نصب نرم‌افزارهای پیچیده یا برنامه‌نویسی

• دسترسی مستقیم به داده‌های معتبر جهانی

• سرعت بالا در انجام تحلیل‌های اولیه

• ارائه‌ی نمودارها و نتایج آماری قابل تفسیر

• امکان دانلود داده‌ها برای تحلیل‌های پیشرفته‌تر در نرم‌افزارهایی مانند GraphPad Prism یا R

در مجموع، بررسی داده‌های بیان ژن در GEO با استفاده از GEO2R روشی مؤثر، مقرون‌به‌صرفه و علمی برای کشف ژن‌های کلیدی در فرآیندهای زیستی و بیماری‌هاست.

مزیت‌های این آموزش به شرح زیر می‌باشد

• ارائه آموزش‌ به صورت 0 تا 100 به صورتی که برای انجام آنالیزها و رسم نمودارها نیازی به پیش زمینه نباشد و همه مراحل برای انجام آنالیزها به صورت کامل ارائه شده است.

• رسم نمودارهای مختلف برای نتایج آنالیز که این نمودارها از مقالات دریافت شده است و یا مشابه آن‌ها در مقالات موجود می‌باشد. نمودارهایی که ترسیم آن‌ها آموزش داده شده است در پایین همین صفحه ارائه شده است.
• ارائه آموزش‌ها به صورت مرحله به مرحله.
• این آموزش در 13بخش یا فیلم آموزشی به زبان فارسی ارائه شده است که جزئیات هر فیلم آموزشی در انتهای این صفحه ارائه شده است.
• ارائه پشتیبانی کامل برای آموزش: در صورت مواجهه با مشکل یا نیاز به پشتیبانی برای این آموزش، کافی است تا با شماره 09050250034 در پیام‌رسان‌های تلگرام، واتساپ و یا ایتا در تماس باشد و تصویر خطا و یا مشکل پیش آمده را ارسال نمایید تا راهنمایی‌های لازم برایتان ارائه شود.

فهرست کامل موارد آموزش داده شده:

فیلم اول:

مدت زمان: 20 دقیقه
محتوا:

آموزش انواع میکرواری مفاهیم و اصول آنالیز داده های میکرواری

مقدمات آشنایی با پایگاه های داده GEO Dataset و GEO profile

فیلم دوم:
مدت زمان: 21 دقیقه
محتوا:

آموزش بررسی تغییر بیان ژن‌ها در پایگاه داده GEO profile

 

فیلم سوم:
مدت زمان: 25 دقیقه
محتوا:

آموزش جستجو در پایگاه داده GEO

آموزش آنالیز بیان ژن‌ها در قسمت GDS

 

فیلم چهارم:
مدت زمان: 44 دقیقه

محتوا:

آموزش آنالیز داده‌های میکرواری با استفاده از نرم افزار آنلاین GEO2r برای دو گروه

آموزش بررسی نمودارهای ترسیم شده در نرم افزار آنلاین GEO2r

فیلم پنجم:
مدت زمان: 14 دقیقه
محتوا:

آموزش آنالیز داده‌های میکرواری با استفاده از نرم افزار آنلاین GEO2r برای بیش از دو گروه

آموزش شناسایی ژن‌های مشترک برای مقایسه‌های مختلف با نمودار venn در نرم افزار GEO2r

فیلم ششم:
مدت زمان: 5 دقیقه
محتوا:

آموزش آنالیز داده‌های میکرواری با استفاده از نرم افزار آنلاین GEO2r برای مطالعات با بیش از یک پلتفورم

 

فیلم هفتم:
مدت زمان: 11 دقیقه
محتوا:

بررسی امکان آنالیز داده‌ها با نرم افزار GEO2r برای میکرواری دو کاناله

 

فیلم هشتم:
مدت زمان: 15 دقیقه
محتوا:

آنالیز داده‌ها با نرم افزار GEO2r برای میکرواری دو کاناله

 

فیلم نهم:
مدت زمان: 32 دقیقه
محتوا:

آموزش دانلود داده‌های بیانی ژن‌‍‌ها برای رسم نمودار

آموزش رسم نمودارهای مختلف با استفاده از نرم افزار گرافپد پریزم برای نمایش تغییرات بیان ژن‌ها بین گروه‌های مختلف

فیلم دهم:
مدت زمان: 25 دقیقه
محتوا:

آموزش رسم نمودارهای گروهی با استفاده از نرم افزار گرافپد پریزم برای نمایش تغییرات بیان چندین ژن در یک نمودار

فیلم یازدهم:
مدت زمان: 8 دقیقه
محتوا:

آموزش رسم نمودارهای مختلف با استفاده از نرم افزار گرافپد پریزم برای بین از دو گروه

فیلم دوازدهم:
مدت زمان: 20 دقیقه
محتوا:

آموزش رسم نمودار آتشفشانی (volcano plot) با استفاده از نرم افزار گرافپد پریزم

فیلم سیزدهم:
مدت زمان: 9 دقیقه
محتوا:

آموزش رسم نمودار heatmap با استفاده از نرم افزار گرافپد پریزم