توضیحات

آموزش جامع روش PCR-RFLP از مرحله انتخاب SNP، طراحی پرایمر، انتخاب آنزیم و آنالیز آماری داده‌ها را می توانید در این بخش تهیه نمایید.

یافتن ارتباط ژنوتیپ ها و الل های یک جهش‌ یا پلیمورفیسم  از طریق تکنیک PCR-RFLP و تعیین سطح خطر افراد دارای این جهش‌ها با صفات انسانی مانند بروز بیماری هاو انواع سرطان ها، موضوع بسیاری از پایان‌نامه‌ها و طرح‌های پژوهشی در کشورمان می‌باشد. ما برای آموزش کاربردی و پیشرفته این تکنیک، اصول طراحی پک پروژه بر اساس این تکنیک را مطرح می‌نماییم و به آموزش مراحل آن می‌پردازیم. مراحل اجرای این پروژه به‌صورت زیر می‌باشد

انتخاب جهش (پلی مورفیسم) مناسب: در این بخش موارد زیر آموزش داده خواهد شد:

نحوه دریافت توالی یک ژن در ناحیه کدینگ، اینترون ها و پروموتر

نحوه شناسایی جهش‌های موجود بر روی توالی یک ژن به تفکیک  ناحیه کدینگ، اینترون ها و پروموتر

آشنایی با ویژگی‌هایی که یک جهش را برای بررسی با تکنیک PCR-RFLP مناسب می‌سازد.

شناخت جهش‌هایی که نمی‌توان آن‌ها را روش PCR-RFLP موردبررسی قرارداد.

شناسایی جهش‌هایی که در محل اتصال فاکتورهای رونویسی پروموتر رخ می‌دهد.

شناسایی جهش‌هایی که در محل اتصال و تنظیمی میکروارناها به ژن رخ می‌دهد.

انتخاب آنزیم محدودگر مناسب: در این بخش موارد زیر آموزش داده خواهد شد:

شناسایی جایگاه‌های شناسایی آنزیم‌های محدودگر بر روی یک قطعه

آشنایی با ویژگی‌های یک آنزیم محدودگر مناسب

آشنایی با آنزیم‌هایی که از آن‌ها نمی‌توان در تکنیک PCR-RFLP مورد استفاده قرارداد.

طراحی پرایمر برای واکنش PCR:

آموزش اصول طراحی پرایمر اصولی برای تکنیک PCR-RFLP با نرم‌افزارهای مختلف

هماهنگ نمودن پرایمرها با جایگاه‌های شناسایی آنزیم‌ها

بررسی اختصاصیت و کیفیت پرایمر های طراحی شده

تعیین حجم نمونه مناسب برای بررسی:

آشنایی با محاسبه تعداد نمونه لازم برای بررسی با فرمول‌های آماری

آشنایی با تعیین میزان قدرت (power) نمونه‌گیری در مطالعه

آنالیز آماری داده‌ها:

آنالیز داده‌های حاصل از PCR-RFLP در مطالعات همبستگی از طریق نرم‌افزار SPSS

مقایسه متغیرهای زمینه‌ای مانند سن و جنسیت بین دو گروه شاهد و Case

بررسی فراوانی و معنی داری ژنوتیپ های یک جهش در مطالعات همبستگی  موردی شاهدی

بررسی ارتباط ژنوتیپ ها با بروز یک فنوتیپ در مطالعات موردی شاهدی برحسب جنسیت

محاسبه فراوانی الل ها و بررسی معنی داری آن‌ها در مطالعات همبستگی موردی شاهدی

محاسبه odds ratio، 95%CI  و p value  به ‌وسیله رگرسیون لجستیک

محاسبه odds ratio، 95%CI  و p value  به ‌وسیله آزمون کای مربع

بررسی معنی‌داری مدل‌های غالب، مغلوب و هم بارز در مطالعات همبستگی موردی شاهدی

آموزش محاسبه سطح معنی‌داری تصحیح شده  ( adjusted p-value)

محاسبه تعادل هاردی واینبرگ در جمعیت

محاسبه ژنوتیپ کلی و معنی داری آن در مطالعات همبستگی موردی شاهدی

آنالیز داده‌های حاصل از PCR-RFLP در مطالعات همبستگی از طریق نرم‌افزار SNP Analyzer 2

بررسی آماری پلی مورفیسم ها در مطالعات همبستگی موردی شاهدی با   SNP Analyzer 2

محاسبه فراوانی هاپلوتایپ ها و بررسی آماری آن‌ها به ‌وسیله نرم‌افزار  SNP Analyzer 2

محاسبه لینکاژ بین جهش‌ها به‌وسیله نرم‌افزار  SNP Analyzer 2

فهرست کامل آمورش های ارائه در این کتاب به شرح زیر می باشد

بخش اول: مقدمه
1-1-آموزش مقدماتی روش PCR-RFLP
1-2- اهمیت بررسی جهش ها در ژنوم
1-3-تفاوت روش RFLP با PCR-RFLP(PBR):
1-4- شناسایی ژنوتیپ ها به ‌وسیله روش PCR-RFLP
1-6- نحوه طراحی یک پروژه بر اساس تکنیک PCR-RFLP
بخش دوم: انتخاب جهش (پلی مورفیسم) مناسب برای تکنیک PCR-RFLP
1-1-ویژگی‌های یک جهش مناسب در بررسی های همبستگی موردی-شاهدی
بخش سوم: دریافت توالی یک ژن در سایت NCBI
3-1- آموزش مقدماتی سایت NCBI برای دریافت توالی یک ژن
3-2- آموزش دریافت مشخصات و توالی یک واریانت از یک ژن در سایت NCBI
3-3- آموزش دریافت توالی کامل یک ژن در سایت NCBI
3-4-آموزش نحوه یافتن جهش‌های یک ژن در سایت NCBI
3-5- تعیین فراوانی الل های حاصل از یک جهش در پروژه 1000 ژنوم.

بخش چهارم: انتخاب آنزیم محدودگر مناسب برای تکنیک PCR-RFLP

4-1-یافتن آنزیم‌های محدودگر برای یک توالی
4-2- ویژگی‌های یک آنزیم محدودگر مناسب برای تکنیک PCR-RFLP

بخش پنجم: آموزش شناسایی توالی مرکزی پروموتر در ژن‌ها و یافتن جهش های موجود در آن ها

5-1- اهمیت بررسی جهش ها در بخش پروموتر
5-2-آشنایی با پایگاه داده UCSC جهت بافتن توالی مرکزی یک پروموتر
5-3-شناسایی فاکتورهای رونویسی متصل شوند به پروموتر و جایگاه اتصال آن‌ها
5-3-1-آموزش سایت PROMO جهت شناسایی فاکتورهای رونویسی متصل شونده به توالی پروموتر
بخش ششم: شناسایی جهش های موجود در نواحی اتصالی میکروRNAها به ژن ها
6-1- مقدمه ای در مورد میکروRNAها و اهمیت بررسی جهش ها در آن ها
6-2-آشنایی با پایگاه mirbase
6-3- روش‌های شناسایی اهداف میکروRNA ها
6-3-1- نرم‌افزار Miranda
6-3-2-نرم افزار Diana-microT
6-3-3-آشنایی با سایت mirmap برای شناسایی میکروRNAهای تنظیم کننده یک ژن
6-3-4-آشنایی با سایت Target Scan برای شناسایی میکروRNAهای تنظیم کننده یک ژن
6-3-5-آشنایی با وب سایت Mirwalk برای شناسایی میکروRNAهای تنظیم کننده یک ژن
6-3-6- آموزش نرم‌افزار RNA hybrid برای شناسایی میکروRNAهای تنظیم کننده یک ژن

بخش هفتم: طراحی اختصاصی پرایمر برای واکنش PCR-RFLP

7-1- نکات اختصاصی طراحی پرایمر برای روش PCR-RFLP
7-2- نکات عمومی طراحی پرایمر در روش PCR-RFLP
7-3-آموزش نرم‌افزار oligo 7 برای طراحی پرایمر
7-3-1- وارد نمودن توالی در نرم‌افزار Oligo 7
7-3-2-آشنایی با نرم‌افزار oligo 7 و طراحی پرایمر به ‌صورت دستی در نرم‌افزار
7-3-3-بررسی تطابق پرایمرهای بررسی شده با آنریم محدودگر
7-4آموزش طراحی پرایمر با نرم‌افزار آنلاین پرایمر 3 ( Primer3 )
7-5- بررسی پرایمرها با استفاده از نرم‌افزار Oligo analyzer (IDT)
7-6-بررسی اختصاصی بودن پرایمرهای طراحی شده از طریق سایت NCBI

بخش هشتم: آموزش آنالیز آماری داده های حاصل از روش PCR-RFLP در مطالعات همبستگی

8-1- آنالیز داده های حاصل از PCR-RFLP در مطالعات همبستگی از طریق نرم افزار SPSS
8-1-1-نحوه آماده‌سازی داده‌های مارکر PCR-RFLP برای آنالیز آماری
8-1-2-وارد نمودن داده‌ها در نرم‌افزار SPSS
8-1-3- آنالیز داده‌های حاصل از پلی مورفیسم ها در نرم افزار SPSS
8-1-4-مقایسه متغیر سن بین دو گروه شاهد و Case به‌وسیله آزمون من ویتنی
8-1-5-بررسی متغیر سن بین دو گروه شاهد و case به ‌وسیله آزمون T
8-1-6-مقایسه متغیر جنسیت در دو گروه شاهد و case
8-1-7-بررسی فراوانی و معنی داری ژنوتیپ های یک جهش در مطالعات همبستگی موردی شاهدی
8-1-8-بررسی ارتباط ژنوتیپ ها با بروز یک فنوتیپ در مطالعات موردی شاهدی برحسب جنسیت
8-1-9-محاسبه فراوانی الل ها و بررسی معنی داری آن ها در مطالعات همبستگی موردی شاهدی
8-1-10-محاسبه odds ratio، 95%CI و p value به‌وسیله رگرسیون لجستیک
8-1-11-بررسی معنی‌داری مدل‌های غالب، مغلوب و هم بارز در مطالعات همبستگی موردی شاهدی
8-1-12-آموزش محاسبه سطح معنی‌داری تصحیح شده ( adjusted p-value)
8-1-13- محاسبه تعادل هاردی واینبرگ در جمعیت
8-1-14-محاسبه ژنوتیپ کلی و معنی داری آن در مطالعات همبستگی موردی شاهدی

8-2-آنالیز داده های حاصل از PCR-RFLP در مطالعات همبستگی از طریق نرم افزار SNP Analyzer 2

8-2-1-مقدمات نرم افزار SNP Analyzer 2 و نحوه وارد نمودن داده ها در این نرم افزار
8-2-2- بررسی آماری پلی مورفیسم ها در مطالعات همبستگی موردی شاهدی با SNP Analyzer 2
8-2-3-محاسبه فراوانی هاپلوتایپ ها به ‌وسیله نرم‌افزار SNP Analyzer 2

8-2-4-بررسی آماری هاپلوتایپ ها در مطالعات مورد شاهدی به‌وسیله نرم‌افزار SNP Analyzer 2

8-2-5-محاسبه لینکاژ بین جهش‌ها بوسیله نرم افزار SNP Analyzer 2

بخش نهم: محاسبه حجم نمونه در مطالعات موردی شاهدی