آموزش نرم افزار GenEx: جامعترین نرم افزار برای بررسی کیفیت، اصلاح و آنالیز آماری داده های ریل تایم (real time PCR)

توضیحات

آموزش نرم افزار GenEx به صورت جامع در آنالیز آماری انواع داده های ریل تایم

آموزش نرم افزار GenEx به عنوان کامل ترین نرم افزاری برای آنالیز داده های ریل می باشد. از کاربردهای این نرم افزار در آنالیز داده ها ریل تایم می توان به موارد زیر اشاره نمود.

بررسی کیفیت داده های ریل تایم به صورت خودکار که شامل مراحل زیر می باشد

1. بررسی داده های تکرارهای ریل تایم برای همه نمونه ها و یافتن تکرارهایی که با سایر تکرارها همخوانی ندارد.
2. مقایسه داده های ریل تایم با داده های نمونه های کنترل منفی برای یافتن داده هایی که دارای Ct بالاتر از حد مجاز می باشند.
3. ترسیم نمودار Ct هر ژن برای نمونه ها جهت یافتن نمونه هایی که دارای داده مخدوش می باشند.

بررسی و اصلاح داده های مخدوش ریل تایم به صورت خودکار

پردازش اولیه داده های ریل تایم و آماده سازی داده ها جهت محاسبه Fold change و آنالیز آماری در نرم افزار GenEx که شامل موارد زیر می باشد:

1. پردازش داده های ریل تایم که در چند ریل تایم مختلف (چند پلیت مختلف) انجام شده اند
2. پردازش داده های ریل تایم بر اساس میزان کارایی پرایمرها
3. پردازش داده های ریل تایم بر اساس میزان RNA استفاده شده در سنتز cDNA
4. میانگین گرفتن از تکرارهای ریل تایم برای هر نمونه
5. پردازش داده های ریل تایم بر اساس داده های نمونه های no-RT و حذف اثر آلودگی DNA از داده ها
6. نرمال نمودن داده ها ریل تایم با داده های ژن رفرنس (محاسبه dCt)
7. میانگین گرفتن از داده های تکرارهای تکنیکال
8. محاسبه میزان ddCt
9. محاسبه میزان Fold change برای هر نمونه
10. تبدیل های های Fold change به حالت لگاریتمی بر پایه دو برای آنالیز آماری و محاسبه Fold change گروه ها

آموزش آنالیز داده های ریل تایم به روش absolute quantification: نحوه تهیه رقت ها، ترسیم منحنی استاندارد و تعیین میزان مطلق کپی ژن ها (در فایل دوم)

در این قسمت آنالیز داده های ریل تایم  به روش absolute quantification آموزش داده شده است. در این آموزش ابتدا نحوه تعیین تعداد نسخه یک ژن و تهیه رقت با استفاده از DNA ژنومی، پلاسیمد (وکتور)، محصول PCR و RNA با استفاده از فرمول و نرم افزارهای مربوطه آموزش داده شده است و سپس روش تعیین تعداد نسخه های یک ژن در نمونه با استفاده از ترسیم منحنی استاندارد توضیح داده شده است.

محاسبه fold change برای گروه ها و تعیین سطح معنی داری اختلاف بیان مشاهده شده با آزمون های:

1. آزمون Kolomogorov-Smirnov  جهت بررسی نرمال بودن داده ها
2. آزمون T-test
3. آزمون T جفت شده (paired T-test)
4. آزمون های Wilcoxonو Mann-Whitney
5. آزمون one-way Anova
6. آزمون two-way Anova
7. آزمون nested Anova
8. آزمون Repeated measures Anova

تعیین بهترین ژن رفرنس برای نرمال سازی داده ها ریل تایم با استفاده از روش های:

1. geNorm
2. Normfinder

دسته بندی نمونه ها با استفاده از آنالیز مولفه های اصلی با روش های:

1. PCA
2. Potential curve
3. Dynamic PCA

دسته بندی ژن ها و نمونه ها با استفاده از روش های:

1. Hierarchical Clustering
2. Heatmap Analysis

ترسیم منحنی استاندارد برای نتایج ریل تایم با روش های زیر:

1. ترسیم منحنی استاندارد جهت تعیین کارایی پرایمرها در ریل تایم
2. ترسیم منحنی استاندارد جهت تعیین میزان مطلق ژن هدف در روش ریل تایم

محاسبه ضریب همبستگی (correlation coefficients) بین ژن ها و نمونه ها با استفاده از روش های:

1. روش پیرسون (Pearson)
2. روش اسپیرمن(Spearman)
3. ترسیم منحنی نقطه ای برای نمونه ها بر حسب ژن ها

انجام آزمون های تشخیصی شامل:

1. بررسی اثر ژن ها بر روی نرخ مرگ با روش Survival Analyse
2. ترسیم منحنی ROC جهت تعیین حساسیت و اختصاصیت ژن ها به عنوان بیومارکر در تشخیص بیماری ها

آنالیز داده های با حجم بالا با روش 3-way analysis

 

فهرست موارد آموزش داده شده:

1. بخش اول مقدمه

2. آموزش انواع تکرارها در واکنش ریل تایم

3. آموزش انواع نمونه های کنترل در ریل تایم

4. روش های آناليز داده های Real time PCR

5. آشنایی با اساس روش ریل تایم (real time PCR)

6. آشنایی با مفاهیم تخصصی در تکنیک  Real time PCR

7. آموزش Ct در روش ریل تایم  (Real time PCR)
8. آشنایی با مفهوم ژن کنترل داخلی (ژن رفرنس) در روش ریل تایم

9. آشنایی با مفهوم Fold change و نحوه محاسبه دلتا دلتا Ct (∆∆Ct) در ریل تایم

10. آموزش آنالیز داده های ریل تایم (Real time) به صورت دستی با فرمول های مربوطه

11. آموزش نحوه بررسی کیفیت داده های ریل تایم به صورت دستی

12. ضرورت محاسبه میزان کارایی PCR و پرایمرها برای آنالیز نتایج ریل تایم.

13. بخش دوم: آموزش آنالیز داده های ریل تایم با استفاده از نرم افزار GenEx
14. آشنایی مقدماتی با نرم افزار GenEx
15. آموزش فرمت بندی داده های ریل تایم برای وارد نمودن در نرم افزار GenEx
16. آموزش آماده سازی داده های ریل تایم برای وارد نمودن در نرم افزار GenEx
17. آموزش بررسی کیفیت داده ها ریل تایم، یافتن داده ها نامعتبر و اصلاح آن ها توسط نرم افزار GenEx.
18. پردازش اولیه داده های ریل تایم و آماده سازی داده ها جهت محاسبه Fold change و آنالیز آماری
19. آموزش آنالیز آماری داده های ریل تایم با استفاده از نرم افزار GenEx

20. آموزش کاربرد آزمون T در آنالیز داده های ریل تایم و محاسبه آن در نرم افزار GenEx.

21. پردازش واصلاح نمودن داده ها ریل تایم براساس کنترل های no-RT

22. اصلاح و پردازش داده های ریل تایم با میزان RNA استفاده شده در سنتز cDNA

23. آموزش پردازش داده های ریل تایم با استفاده از Spike

24. پردازش داده های تکرار تکنیکال برای ریل تایم

25. آموزش پردازش داده های ریل تایم که در چند پلیت مجزا (چند واکنش ریل تایم) انجام می شود

26. آموزش کاربرد آزمون T جفت شده (paired T-test) در آنالیز داده های ریل تایم و محاسبه آن در نرم افزار GenEx.

27. آموزش کاربرد آزمون one-way Anova در آنالیز داده های ریل تایم و محاسبه آن در نرم افزار GenEx.

28. آموزش ترسیم heatmap برای داده های ریل تایم (ژن ها و نمونه ها) در نرم افزار GenEx

29. آموزش ترسیم دندروگرام  برای داده های ریل تایم (نمونه ها) در نرم افزار GenEx
30. آموزش کاربرد آزمون Repeated measures ANOVA در آنالیز داده های ریل تایم و محاسبه آن در نرم افزار GenEx.

31. آموزش کاربرد آزمون 2-wayanova در آنالیز داده های ریل تایم و محاسبه آن در نرم افزار GenEx.

32. بررسی علت پراکنده بودن و error bar زیاد داده های ریل تایم با استفاده از نرم افزار GenEx
33. تعیین بهترین ژن رفرنس برای نرمال سازی داده ها ریل تایم با استفاده از نرم افزار GenEx

34. انتخاب بهترین ژن رفرنس برای آنالیز داده های ریل تایم با استفاده از روش geNorm

35. انتخاب بهترین ژن رفرنس برای آنالیز داده های ریل تایم با استفاده از روش NormFinder

36. آموزش ترسیم منحنی Roc  و محاسبه حساسیت (Sensitivity) و اختصاصیت (Specificity) برای ژن ها به عنوان بیومارکر در تشخیص بیماری ها

37. آموزش سنجش تاثیر بیان ژن ها در Survival بر اساس داده ها ریل تایم در نرم افزار GenEx

38. بررسی میانکنش ژن ها و میکروRNAها با استفاده از داده های ریل تایم در نرم افزار GenEx

39. محاسبه ضریب همبستگی بین ژن هدف و میکروRNA با استفاده از نتایج ریل تایم در نرم افزار GenEx

40. آموزش ترسیم منحنی استاندارد جهت تعیین کارایی پرایمر برای داده های ریل تایم با نرم افزار GenEx

41. آموزش ترسیم منحنی استاندارد برای داده های ریل تایم جهت تعیین میزان مطلق ژن هدف با نرم افزار GenEx
42. آنالیز دسته بندی ژن ها و نمونه ها بر اساس داده های ریل تایم با روش PCA
43. آنالیز و پیش بینی نوع نمونه ها(سالم، بیمار،…) بر اساس داده های ریل ریل تایم با روش Potential curves
44. آموزش شناسایی ژن های برتر در تفکیک نمونه ها (بیمار، سالم، …) با روش Dynamic PCA  با نرم افزار GenEx
45. آنالیز داده ها ریل تایم با روش 3-way
46. بررسی کیفیت داده های ریل تایم و اصلاح آن ها به صورت خودکار توسط نرم افزار GenEx
47. آموزش محاسبه سطح معنی‌داری تصحیح شده ( adjusted p-value)

48. آموزش تهیه نرم افزار GenEx و نحوه رفع محدودیت زمانی استفاده از نرم افزار