توضیحات

درباره این آموزش:

بررسی عملکرد و فعالیت ژن‌ها و همچنین تحلیل مسیرهای زیستی، دو رکن اساسی در درک پدیده‌های زیستی هستند. عملکرد ژن‌ها به چگونگی فعالیت و نقش  محصولات حاصل از ژن‌ها در فرایندهای زیستی و فعالیت‌های بیوشیمیایی آن‌ها اشاره دارد، در حالی که مسیرهای زیستی، شبکه‌های پیچیده‌ای از تعاملات مولکولی هستند که فرایندهای سلولی را تنظیم می‌کنند. برای بررسی عملکرد ژن‌ها، روش‌های متنوعی وجود دارد که هر کدام مزایا و محدودیت‌های خاص خود را دارند. روش ORA (Over-Representation Analysis) به شناسایی ژن‌هایی می‌پردازد که در یک مجموعه داده، بیشتر از حد انتظار حضور دارند. روش GSEA (Gene Set Enrichment Analysis) به بررسی تغییرات در فعالیت مجموعه‌های ژنی از پیش تعریف شده می‌پردازد و روش GSVA (Gene Set Variation Analysis) به ارزیابی تغییرات در فعالیت مسیرهای زیستی بین نمونه‌های مختلف می‌پردازد. انتخاب روش مناسب بستگی به نوع داده‌ها و سوالات پژوهشی دارد. در این آموزش جامع، آنالیز عملکرد ژن‌ها با استفاده از هر سه روش ORA، GSEA و GSVA به صورت کامل و مرحله به مرحله آموزش داده شده است. علاوه بر این، برای درک بهتر نتایج حاصل از آنالیزها، نحوه رسم نمودارهای متنوع با استفاده از پکیج‌های مختلف نرم‌افزار R مانند ggplot2، GOplot و Enrichplot به شما آموزش داده می‌شود. با این آموزش، شما قادر خواهید بود تا با تسلط کامل بر این روش‌ها، عملکرد ژن‌ها و مسیرهای زیستی را به طور دقیق و حرفه‌ای تحلیل کنید، نتایج خود را به بهترین شکل ممکن ارائه دهید و از نمودارهای بصری برای تفسیر و نمایش داده‌های پیچیده استفاده نمایید.

اهمیت بررسی عملکرد ژن‌ها و شبکه‌های زیستی:

بررسی عملکرد ژن‌ها و شبکه‌های زیستی برای داده‌های ریل تایم، RNA-Seq و میکروآری به درک بهتر فرآیندهای مولکولی و سلولی کمک می‌کند. با تحلیل این داده‌ها، می‌توان ارتباطات پیچیده بین ژن‌ها، پروتئین‌ها و مسیرهای زیستی را شناسایی کرد. RNA-Seq امکان شبیه‌سازی دقیق‌تر بیان ژن‌ها را فراهم می‌آورد، در حالی که میکروآری برای مقایسه بیان ژن‌ها در شرایط مختلف مفید است. استفاده از داده‌های ریل تایم نیز به پژوهشگران اجازه می‌دهد تا تغییرات سریع در بیان ژن‌ها را در پاسخ به محرک‌های محیطی یا درمان‌ها شبیه‌سازی کنند.

در فیلم زیر اهمیت بررسی عملکرد ژن‌ها و مسیرهای زیستی و همچنین مواردی که در این بخش اموزش داده می شود ارائه شده است. همچنین در فیلم بعدی مزیت‌های این آموزش و مهارت‌هایی که با تهیه این بخش کسب خواهید نمایش داده شده است.

.

.

در این آموزش، تحلیل‌های Gene Ontology، Pathway Enrichment Analysis و Disease Ontology به طور کامل پوشش داده شده است. این تحلیل‌ها ابزارهای قدرتمندی هستند که به ما کمک می‌کنند تا عملکرد ژن‌ها، مسیرهای زیستی و ارتباط آن‌ها با بیماری‌ها را درک کنیم.

• Gene Ontology (GO):
  • عملکرد ژن‌ها را بر اساس سه حوزه اصلی (فرآیندهای بیولوژیکی، عملکردهای مولکولی و اجزای سلولی) طبقه‌بندی می‌کند.
  • این تحلیل به ما کمک می‌کند تا بفهمیم ژن‌های مورد بررسی در چه فرآیندهای سلولی و مولکولی دخیل هستند.
• Pathway Enrichment Analysis:
  • مسیرهای زیستی مرتبط با ژن‌های مورد بررسی را شناسایی می‌کند. در این آموزش انجام آنالیزهای تحلیل مسیرهای زیستی شامل KEGG pathway، Reactome pathway و Wikipathway با نرم افزارهای مختلف آموزش داده شده است.
  • این تحلیل به ما کمک می‌کند تا بفهمیم ژن‌ها چگونه در شبکه‌های پیچیده مولکولی با یکدیگر تعامل دارند.
  • ترسیم شکل‌های زیر برای آنالیز Pathwayها در این آموزش ارائه شده است.

• Disease Ontology (DO):
  • ارتباط بین ژن‌ها و بیماری‌ها را بررسی می‌کند.
  • این تحلیل به ما کمک می‌کند تا بفهمیم ژن‌های مورد بررسی در چه بیماری‌هایی نقش دارند.

اهمیت این تحلیل‌ها در این است که:

• به ما کمک می‌کنند تا عملکرد ژن‌ها و مسیرهای زیستی را در سطح سیستمی درک کنیم.
• به شناسایی اهداف دارویی جدید کمک می‌کنند.
• به درک بهتر مکانیسم‌های بیماری‌ها کمک می‌کنند.
• به درک بهتر تاثیر ژن های مختلف در بیماری های مختلف کمک میکند.

با استفاده از این تحلیل‌ها، می‌توانیم بینش‌های ارزشمندی در مورد داده‌های ژنومیک به دست آوریم و به پیشرفت‌های مهمی در تحقیقات زیستی و پزشکی دست یابیم.

مزیت‌های این آموزش به شرح زیر می‌باشد

• آموزش روش‌های مختلف برای بررسی عملکرد ژن‌ها که شامل روش‌های ORA، GSEA و GSVA می‌باشد.
• استفاده از دیتابیس‌های آنلاین و نرم افزار رایگان GSEA برای انجام آنالیزها که در ادامه با استفاده از نرم افزار r و پکیج‌های مربوطه آنالیز جامع برای داده‌ها اارئه می‌شود.
• بررسی مقوله‌های مختلف برای بررسی عملکرد ژن‌ها و مسیرهای زیستی که مقوله های اصلی شامل بررسی gene ontology، pathway enrichment analysis و Disease ontology می‌باشد.
• رسم نمودارهای مختلف برای نتایج آنالیز که این نمودارها از مقالات دریافت شده است و یا مشابه آن‌ها در مقالات موجود می‌باشد. نمودارهایی که ترسیم آن‌ها آموزش داده شده است در پایین همین صفحه ارائه شده است.
• ارائه آموزش‌ها به صورت مرحله به مرحله. در ابتدا توضیح تئوری هر آنالیز ارائه می‌شود و سپس آنالیزها به صورت عملی انجام می‌شود و در ادامه تفسیر نتایج به دست آمده ارائه می‎شود.
• ارائه فایل‎‌هایی که برای آنالیز لازم می‌باشد. برای اینکه بتوانید آنالیزها را انجام دهید فایل‌هایی که در آنالیز استفاده می‌شود و کدهایی که در نرم افزار r برای آنالیز و رسم نمودار استفاده می‌شود در اختیارتان قرار می‌گیرد.
• ارائه آموزش‌ به صورت 0 تا 100 به صورتی که برای انجام آنالیزها نیازی به پیش زمینه نباشد. همه مراحل از آماده سازی داده‌ها برای آنالیز تا انجام آنالیز و رسم نمودار و تفسیر نتایج به صورت کامل ارائه شده است.
• این آموزش در 14 بخش یا فیلم آموزشی به زبان فارسی ارائه شده است که جزئیات هر فیلم آموزشی در انتهای این صفحه ارائه شده است.
• ارائه پشتیبانی کامل برای آموزش: در صورت مواجهه با مشکل یا نیاز به پشتیبانی برای این آموزش، کافی است تا با شماره 09050250034 در پیام‌رسان‌های تلگرام، واتساپ و یا ایتا در تماس باشد و تصویر خطا و یا مشکل پیش آمده را ارسال نمایید تا راهنمایی‌های لازم برایتان ارائه شود.

به صورت کلی می‌توان گفت که پس از یادگیری این آموزش جامع،  با بهره‌گیری از روش‌های کلیدی ORA، GSEA و GSVA، عملکرد ژن‌ها و مسیرهای زیستی را می توانید عمیقاً بررسی کنید. استفاده از دیتابیس‌های آنلاین و نرم‌افزار رایگان GSEA، همراه با تحلیل‌های پیشرفته در R، شما را به یک متخصص تبدیل می‌کند. مقوله‌های اصلی Gene Ontology، Pathway Enrichment Analysis و Disease Ontology، با رسم نمودارهای حرفه‌ای، نتایج را برای شما شفاف و قابل فهم می‌سازند. آموزش مرحله به مرحله، فایل‌های کاربردی و پشتیبانی کامل، تضمین می‌کنند که حتی بدون پیش‌زمینه، می‌توانید به نتایج دلخواه برسید.

.

در فیلم پایین مزیت‌های این آموزش و مهارت‌هایی که با تهیه این بخش کسب خواهید نمایش داده شده است. همچنین در فیلم بعدی می‌توانید بخشی از آموزش را به صورت رایگان تماشا نمایید.

.

موارد آموزش داده شده در این بخش آموزشی به شرح زیر می باشد:

این آموزش در 14 بخش یا فیلم آموزشی به زبان فارسی ارائه شده است که جزئیات هر فیلم آموزشی و مدت زمان هر قسمت در تصویر زیر نمایش داده شده است. برای مشاهده تصویر در اندازه بزرگتر برروی آن کلیک نمایید.

توضیحات شکل بالا در فیلم قبلی ارائه شده است. به صورت کلی همانگونه که در تصویر بالا قابل مشاهده می باشد این آموزش شامل قسمت های زیر می‌باشد:

فیلم آموزشی اول به مدت 67دقیقه شامل:

 آموزش نکات اختصاصی آنالیز داده‌ها به روش ORA و GSEA

 

فیلم آموزشی دوم به مدت 140دقیقه شامل:

آموزش بررسی عملکرد ژن‌ها و بررسی مسیرهای سلولی با استفاده از پایگاه داده DAVID، تفسیر نتایج و رسم نمودار با نرم‌افزار گرافپد پریسم

 

فیلم آموزشی سوم به مدت 57 دقیقه شامل:

آموزش بررسی عملکرد ژن‌ها و بررسی مسیرهای سلولی همراه با رسم نمودار با استفاده از پایگاه داده ShinyGO

 

فیلم آموزشی چهارم به مدت 115دقیقه شامل:

آموزش سایت GSEA

آموزش انجام آنالیز GSEA با استفاده از نرم افزار GSEA و رسم نمودار و تفسیر نتایج

 

فیلم آموزشی پنجم به مدت 33 قیقه شامل:

آموزش نصب پکیج‌های لازم برای فیلترکردن ژن‌ها، انجام آنالیزهای مختلف و رسم نمودار در نرم افزار r

 

فیلم آموزشی ششم به مدت 80 دقیقه شامل:

آماده سازی و فیلتر کردن نتایج تغییرات بیان ژن‌ها و آماده سازی آن‌ها برای انجام آنالیزها

 

فیلم آموزشی هفتم به مدت 119 دقیقه شامل:

آموزش نرم افزار fgsea برای بررسی ارتباط lncRNAها و بروز بیماری‌ها

آموزش نرم افزار fgsea برای انجام آنالیز gene ontology شامل Biological process، Molecular function و Cellular components

آموزش نرم افزار fgsea برای انجام آنالیزهای تحلیل مسیرهای زیستی شامل KEGG pathway، Reactome pathway و Wikipathway

 

فیلم آموزشی هشتم به مدت 153دقیقه شامل:

آموزش نرم افزار clusterprofiler برای بررسی ارتباط ژن‌ها و میکروارناها

آموزش نرم افزار clusterprofiler برای انجام آنالیز gene ontology شامل Biological process، Molecular function و Cellular components

آموزش نرم افزار clusterprofiler برای انجام آنالیزهای تحلیل مسیرهای زیستی شامل KEGG pathway، Reactome pathway و Wikipathway

آموزش نرم افزار clusterprofiler برای انجام آنالیزهای لازم برای بررسی ارتباط ژن‌ها با بیماری و فنوتیپ‌های انسانی

آموزش نرم افزار clusterprofiler برای انجام آنالیزهای لازم برای بررسی ارتباط ژن‌ها باواژگان mesh

 

فیلم آموزشی نهم به مدت 158دقیقه شامل:

رسم نمودار برای نتایج بررسی عملکرد ژن‌ها و مسیرهای سلولی که با روش ORA و GSEA انجام شده‌اند با پکیج ggplot2

نمودارهایی که آموزش ترسیم آن‌ها با استفاده از پکیج ggplot2 ارائه شده است در قسمت زیر قابل مشاهده می‌باشد.

فیلم آموزشی دهم به مدت 108دقیقه شامل:

رسم نمودار برای نتایج بررسی عملکرد ژن‌ها و مسیرهای سلولی که با روش ORA انجام شده‌اند با پکیج GOplot

نمودارهایی که آموزش ترسیم آن‌ها با استفاده از پکیج GOplot ارائه شده است در قسمت زیر قابل مشاهده می‌باشد.

فیلم آموزشی یازدهم به مدت 60 دقیقه شامل:

رسم شبکه‌های مختلف برای نشان دادن ارتباط ژن‌ها با مسیرهای سلولی، عملکردهای زیستی و بیماری‌ها با استفاده از نرم افزار r

شبکه‌هایی که آموزش ترسیم آن‌ها با استفاده از نرم افزار r ارائه شده است در قسمت زیر قابل مشاهده می‌باشد.

فیلم آموزشی دوازدهم به مدت 72 دقیقه شامل:

رسم نمودار برای نتایج بررسی عملکرد ژن‌ها و مسیرهای سلولی که با روش ORA و GSEA انجام شده‌اند با پکیج Enrichplot

نمودارهایی که آموزش ترسیم آن‌ها با استفاده از پکیج Enrichplot ارائه شده است در قسمت زیر قابل مشاهده می‌باشد.

همچنین ترسیم نمودارهای زیر برای آنالیزهای GSEA آموزش داده شده است.

فیلم آموزشی سیزدهم به مدت 91 دقیقه شامل:

آماده سازی و فیلتر کردن داده‌های بیانی برای انجام آنالیز GSVA

 

فیلم آموزشی چهاردهم به مدت 100 دقیقه شامل:

انجام آنالیز GSVA برای بررسی تغییر فعالیت مسیرها بین نمونه‌ها، انجام آنالیز آماری برای نتایج حاصل و رسم نمودار برای آن ها

بعذ از مقایسه فعالیت فرایندها و یا مسیرهای سلولی بین نمونه‌ها، برای آن‌هایی که بین نمونه‌ها اختلاف معنی داری نشان دادند آموزش ترسیم نمودارهای هیتمپ، ولکانو (آتشفشانی) و venn ارائه شده است

 

همچنین در فیلم زیر می‌توانید بخشی از آموزش را به صورت رایگان تماشا نمایید.