توضیحات

معرفی آموزش تحلیل داده‌های متیلاسیون DNA با استفاده از پلتفرم‌ میکرواری Illumina و داده‌های GEO و TCGA در نرم‌افزار R

در این مجموعه آموزشی جامع و کاربردی، به‌صورت گام‌به‌گام یاد می‌گیرید چگونه داده‌های میکرواری متیلاسیون DNA را از پایگاه‌های معتبر جهانی مانند GEO و TCGA دریافت، پردازش و تحلیل کنید. هدف این دوره، آموزش کامل فرایند بررسی سطح متیلاسیون ژن‌ها و DNA در نمونه‌های مختلف و مقایسه آماری سطح متیلاسیون بین گروه‌های آزمایشی است.

در ابتدا، مفاهیم پایه‌ای مربوط به پلتفرم‌های متیلاسیون Infinium I و II و ساختار داده‌های خام معرفی می‌شود. سپس مراحل دانلود داده‌ها از پایگاه TCGA و فیلتر کردن نمونه‌ها و پروب‌ها با کیفیت پایین آموزش داده می‌شود. داده‌های متیلاسیون با استفاده از نرم‌افزار R و بسته‌های تحلیلی معتبر مانند limma، SeSAMe، minfi و ggplot2 پردازش و نرمال‌سازی می‌شوند تا بتوانید تحلیل‌های دقیق و قابل اعتماد انجام دهید.

در طول آموزش، علاوه بر تحلیل داده‌های واقعی از چند مطالعه مختلف، نحوه محاسبه سطح متیلاسیون (Beta و M values)، شناسایی پروب‌های دارای تغییر معنی‌دار بین گروه‌ها و انجام تحلیل‌های آماری و ترسیم نمودارهای تخصصی آموزش داده می‌شود. همچنین فراگیر با روش‌های مختلف رسم نمودار از جمله heatmap، volcano plot و نمودارهای مقایسه‌ای برای نمایش تفاوت سطح متیلاسیون آشنا می‌شود.

🔹 ویژگی‌های کلیدی این آموزش:

آموزش جامع از سطح مقدماتی تا تحلیل داده‌های واقعی متیلاسیون

استفاده از پایگاه‌های معتبر جهانی GEO و TCGA برای استخراج داده‌ها

معرفی و کار با پکیج‌های حرفه‌ای در R برای آنالیز داده‌های متیلاسیون (SeSAMe، minfi، limma)

آموزش فیلتر، نرمال‌سازی و کنترل کیفیت داده‌ها به روش‌های استاندارد

آموزش رسم نمودارهای آماری و تصویری برای تفسیر نتایج پژوهشی

مناسب برای پژوهشگران، دانشجویان و علاقه‌مندان به بیوانفورماتیک، اپی‌ژنتیک و زیست‌شناسی مولکولی

💡 با تماشای این مجموعه، می‌آموزید چگونه داده‌های متیلاسیون را از پایگاه‌های معتبر دانلود کرده، پردازش کنید و با دقت علمی بالا سطح متیلاسیون ژن‌ها را بین گروه‌ها مقایسه نمایید.

🎓 اگر به‌دنبال یادگیری عملی و پروژه‌محور تحلیل داده‌های متیلاسیون هستید، این دوره یکی از کامل‌ترین و کاربردی‌ترین آموزش‌های فارسی در این زمینه است.

اهمیت و کاربرد تحلیل داده‌های متیلاسیون DNA در پژوهش‌های ژنومی

تحلیل داده‌های متیلاسیون DNA یکی از مهم‌ترین روش‌ها در بیوانفورماتیک و مطالعات اپی‌ژنتیکی است، زیرا تغییرات در الگوی متیلاسیون می‌توانند نقش کلیدی در تنظیم بیان ژن‌ها، رشد سلولی، تمایز، و بروز بیماری‌ها به‌ویژه سرطان داشته باشند. بررسی این تغییرات، پژوهشگران را قادر می‌سازد تا ژن‌های کلیدی در مکانیسم‌های بیماری را شناسایی و مسیرهای مولکولی مؤثر را تحلیل کنند.

پلتفرم‌های میکرواری Illumina ابزارهای استاندارد و گسترده‌ای برای اندازه‌گیری سطح متیلاسیون در سراسر ژنوم هستند. داده‌های حاصل از این پلتفرم‌ها در پایگاه‌های عمومی مانند GEO و TCGA به‌صورت آزاد در دسترس هستند و امکان انجام تحلیل‌های بازتولیدپذیر و مقایسه‌ای بین گروه‌های مختلف را فراهم می‌کنند.

نرم‌افزار R با دارا بودن بسته‌های تخصصی در زمینه بیوانفورماتیک مانند minfi، limma، Sesame  و سایر ابزارهای آماری، یکی از قدرتمندترین محیط‌ها برای تحلیل داده‌های متیلاسیون DNA محسوب می‌شود. استفاده از R به پژوهشگران این امکان را می‌دهد تا تمامی مراحل از دانلود داده‌ها و پردازش اولیه تا تحلیل آماری، مصورسازی نتایج و تفسیر یافته‌ها را در یک محیط یکپارچه انجام دهند.

بنابراین، یادگیری تحلیل داده‌های متیلاسیون DNA در نرم‌افزار R نه‌تنها برای پژوهش‌های ژنومی و سرطان‌شناسی ضروری است، بلکه مهارتی کلیدی برای دانشجویان، محققان و متخصصان علوم زیستی محسوب می‌شود که قصد دارند داده‌های واقعی را تحلیل کرده و نتایج معتبر علمی ارائه دهند.

🌐 اهمیت استفاده از داده‌های GEO و TCGA در تحلیل داده‌های متیلاسیون DNA

یکی از مهم‌ترین گام‌ها در تحلیل داده‌های متیلاسیون DNA، دسترسی به داده‌های معتبر، گسترده و استاندارد است. دو پایگاه داده‌ی GEO (Gene Expression Omnibus) و TCGA (The Cancer Genome Atlas) از مهم‌ترین و پرکاربردترین منابع جهانی در این زمینه به شمار می‌آیند.

پایگاه GEO که توسط مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری آمریکا (NCBI) پشتیبانی می‌شود، مجموعه‌ای عظیم از داده‌های ژن‌بیان، متیلاسیون، و سایر داده‌های اُمیکس را به‌صورت رایگان و عمومی در اختیار پژوهشگران قرار می‌دهد. این پایگاه به دلیل تنوع داده‌ها، استانداردسازی بالا و پوشش گسترده پروژه‌های تحقیقاتی، یکی از منابع اصلی برای تحلیل‌های بیوانفورماتیکی محسوب می‌شود.

از سوی دیگر، TCGA یکی از جامع‌ترین پروژه‌های بین‌المللی در زمینه تحلیل مولکولی و ژنومی انواع سرطان‌ها است. این پایگاه شامل داده‌های متیلاسیون DNA، RNA-seq، پروتئومیکس و داده‌های بالینی بیماران است که امکان انجام تحلیل‌های چندوجهی و مقایسه‌ای بین تومور و بافت نرمال را فراهم می‌کند.

استفاده از داده‌های GEO و TCGA در آموزش و پژوهش چند مزیت کلیدی دارد:

دسترسی رایگان و آزاد به داده‌های معتبر جهانی؛

پوشش گسترده از انواع سلول‌ها، بافت‌ها و بیماری‌ها؛

استاندارد بودن داده‌ها از نظر فرمت، کیفیت و روش تولید؛

قابلیت بازتولید نتایج علمی در مطالعات مختلف؛

افزایش توان آماری تحلیل‌ها به دلیل حجم بالای داده‌ها؛

و در نهایت، امکان یادگیری عملی تحلیل داده‌های واقعی بدون نیاز به تولید داده در آزمایشگاه.

به همین دلیل، تسلط بر نحوه‌ی استفاده از داده‌های GEO و TCGA در نرم‌افزار R، یکی از مهارت‌های ضروری برای پژوهشگران حوزه‌ی بیوانفورماتیک، اپی‌ژنتیک و ژنومیک سرطان محسوب می‌شود.

در فیلم زیر، می‌توانید توضیحات کاملی در مورد مزیت‌های این آموزش و مباحثی که آموزش آن‌ها در این دوره ارائه شده است را مشاهده نمایید تا پیش از شروع دوره با محتوای آموزشی و اهداف آن به‌خوبی آشنا شوید.

 

🌟 مزیت‌های این آموزش

• آموزش جامع و کاربردی از صفر تا صد تحلیل داده‌های متیلاسیون DNA با استفاده از نرم‌افزار R.

• آموزش گام‌به‌گام تمام مراحل از دریافت داده‌ها از GEO و TCGA تا پردازش، نرمال‌سازی و تحلیل نهایی.

• توضیح مفهومی و کاربردی هر مرحله از تحلیل برای درک بهتر روش‌های آماری و بیوانفورماتیکی.

• استفاده از داده‌های واقعی جهت یادگیری عمیق‌تر و کاربردی‌تر در پروژه‌ها و تحقیقات علمی.

• آموزش رسم نمودارهای تحلیلی و تصویری برای نمایش نتایج متیلاسیون و مقایسه بین گروه‌ها.

• ارائه تمامی اسکریپت‌ها و فایل‌های مورد نیاز برای بازتولید کامل تحلیل‌ها و تمرین عملی.

• عدم نیاز به پیش‌زمینه تخصصی؛ مباحث به زبان ساده و به‌صورت مرحله‌به‌مرحله ارائه شده‌اند.

• پشتیبانی کامل آموزشی: در صورت بروز مشکل در اجرای کدها یا مراحل تحلیل، از طریق تلگرام، واتساپ یا ایتا با شماره 09050250034 در تماس باشید تا راهنمایی لازم ارائه شود.

• این دوره شامل ۲۳ بخش ویدئویی به زبان فارسی است که جزئیات هر بخش در انتهای صفحه درج شده است.

 

بخش تئوری این آموزش در فیلم زیر قابل مشاهده می باشد.

 

فهرست کامل موارد آموزش داده شده:

فیلم اول:

مدت زمان: 9 دقیقه
محتوا: معرفی نمودارهایی که رسم آن‌ها در این آموزش پوشش داده‌شده است.

فیلم دوم:
مدت زمان: 19 دقیقه
محتوا:

بخش تئوری آموزش

آشنایی با پلتفورم اینفینیوم نوع یک و دو (infinium I & II) برای بررسی سطح متیلاسیون

فیلم سوم:
مدت زمان: 30 دقیقه
محتوا:

آموزش نصب نرم‌افزار R

آموزش نصب پکیج‌های لازم برای آنالیز متیلاسیون

 

فیلم چهارم:
مدت زمان: 27 دقیقه

محتوا:

آموزش برنامه TCGA برای دانلود داده‌های متیلاسیون

آموزش فیلتر کردن نمونه‌ها و انتخاب نمونه‌ها از برنامه TCGA

آموزش دانلود کردن اصلاعات نمونه‌ها در برنامه TCGA

 

فیلم پنجم:
مدت زمان: 22 دقیقه
محتوا:

آموزش دانلود کردن داده‌های متیلاسیون از برنامه TCGA با استفاده از نرم افزار R

 

فیلم ششم:
مدت زمان: 33 دقیقه
محتوا:

آموزش سازماندهی داده‌های متیلاسیون دانلود شده از برنامه TCGA

آموزش سازماندهی داده‌های دموگرافی و کلینیکی نمونه‌ها

 

فیلم هفتم:
مدت زمان: 51 دقیقه
محتوا:

آنالیز داده‌های مطالعه اوم از برنامه TCGA

آموزش فیلتر کردن نمونه‌ها و پروب‌های با کیفیت پایین در نرم افزار R

آموزش پیدا کردن اطلاعات هر پروب (annotation) مانند ژن‌های منتسب و جایگاه کروموزمی

آموزش محاسبه سطح متیلاسیون برای گروه‌ها و مقایسه اماری سطح متیلاسیون بین گروه‌ها با پکیج limma

آموزش مرتب سازی نتایج اختلاف سطح متیلاسیون

 

فیلم هشتم:
مدت زمان: 5 دقیقه
محتوا:

آموزش دانلود کردن فایل‌های IDAT  از برنامه TCGA با استفاده از نرم افزار R

 

فیلم نهم:
مدت زمان: 25 دقیقه
محتوا:

آموزش جستجو در پایگاه داده GEO

آموزش دانلود دادهها متیلاسیون از پایگاه داده GEO

آموزش دانلود دادههای دموگرافی نمونه‌ها از پایگاه داده GEO

 

فیلم دهم:
مدت زمان: 44 دقیقه
محتوا:

آنالیز داده‌های مطالعه دوم از پایگاه داده GEO

آموزش دانلود دادهها متیلاسیون از پایگاه داده GEO با استفاده از نرم افزار R

آموزش محاسبه سطح متیلاسیون برای گروه‌ها و مقایسه اماری سطح متیلاسیون بین گروه‌ها با پکیج limma برای بیش از دو گروه

 

فیلم یازدهم:
مدت زمان: 38 دقیقه
محتوا:

آنالیز داده‌های مطالعه سوم از پایگاه داده GEO

 

فیلم دوازدهم:
مدت زمان: 14 دقیقه
محتوا:

آنالیز داده‌های مطالعه چهارم از پایگاه داده GEO

دانلود داده‌ها برای آنالیز با پکیج SeSAMe

 

فیلم سیزدهم:
مدت زمان: 18 دقیقه
محتوا:

آموزش محاسبه سطح متیلاسیون با پکیج SeSAMe

خوانش فایل‌های IDAT با پکیج SeSAMe

محاسبه مقادیر بتا و M با پکیج SeSAMe

 

فیلم چهاردهم:
مدت زمان: 10 دقیقه
محتوا:

خوانش فایل‌های IDAT با پکیج SeSAMe

بررسی کیفیت داده‌ها و حذف داده‌ها با کیفیت پایین به صورت خودکار با استفاده از پکیج SeSAMe

 

فیلم پانزدهم:
مدت زمان: 13 دقیقه
محتوا:

بررسی کیفیت داده‌ها ن به صورت دستی با استفاده از پکیج SeSAMe

شناسایی پروب‌های با کیفیت پایین با شدت سیگنال پایین با استفاده از پکیج SeSAMe

آموزش برطرف کردن اختلاف شدت نور فلورسنت قرمز و آبی با استفاده از پکیج SeSAMe

آموزش حذف نویز زمینه با استفاده از پکیج SeSAMe

 

فیلم شانزدهم:
مدت زمان: 34 دقیقه
محتوا:

آموزش آنالیز سطح متیلاسیون و مقایسه اماری سطح متیلاسیون بین گروه‌ها با پکیج SeSAMe

آموزش شناسایی پروب‌های دارای اختلاف معنی دار بین گروه‌ها

آموزش آنالیز سطح متیلاسیون برای پروب‌ها به صورت گروهی (آنالیز DRM) با پکیج SeSAMe

آموزش رسم نمودار برای نمایش اختلاف سطح متیلاسیون بین نمونه‌ها

فیلم هفدهم:
مدت زمان: 40 دقیقه
محتوا:

آنالیز داده‌های مطالعه پنجم از پایگاه داده GEO

خوانش فایل‌های IDAT با پکیج minfi

بررسی کیفیت داده‌ها با پکیج minfi

آموزش شناساسی و حذف نمونه‌های با کیفیت پایین با استفاده از پکیج minfi

 

فیلم هجدهم:
مدت زمان: 26 دقیقه
محتوا:

ادامه آموزش شناساسی و حذف نمونه‌های با کیفیت پایین با استفاده از پکیج minfi

شناسایی پروب‌های با کیفیت پایین با شدت سیگنال پایین با استفاده از پکیج minfi

محاسبه مقادیر بتا و M با پکیج minfi

فیلم نوزدهم:
مدت زمان: 40 دقیقه
محتوا:

آموزش آنالیز سطح متیلاسیون و مقایسه اماری سطح متیلاسیون بین گروه‌ها با پکیج minfi

آموزش شناسایی پروب‌های دارای اختلاف معنی دار بین گروه‌ها

آموزش رسم نمودار برای نمایش اختلاف سطح متیلاسیون بین نمونه‌ها با پکیج minfi

فیلم بیستم:
مدت زمان: 24 دقیقه

محتوا:

آموزش رسم نمودار با پکیج ggplot2 برای نمایش اختلاف سطح متیلاسیون بین گروه‌ها

فیلم بیست و یکم:
مدت زمان: 47 دقیقه
محتوا:

آموزش آنالیز سطح متیلاسیون برای پروب‌ها به صورت گروهی (آنالیز DRM) با پکیج minfi و تابع bumbhunter

آموزش رسم هیتمپ برای پروب‌های انتخاب شده

فیلم بیست و دوم:
مدت زمان: 30 دقیقه
محتوا:

آموزش آنالیز سطح متیلاسیون برای پروب‌ها به صورت گروهی (آنالیز DRM) با پکیج minfi و تابع blockfinder

 

فیلم بیست و سوم:
مدت زمان: 42 دقیقه
محتوا:

ادامه آموزش رسم نمودار با پکیج ggplot2 برای نمایش اختلاف سطح متیلاسیون بین گروه‌ها

 

مزیت ویژه این آموزش: دسترسی به فایل‌های واقعی برای تحلیل داده‌ها

یکی از ویژگی‌های بسیار کاربردی این مجموعه آموزشی، ارائه تمامی فایل‌های موردنیاز برای انجام انالیزها است. با در اختیار داشتن این فایل‌ها، شما می‌توانید به‌صورت هم‌زمان با آموزش، آنالیز را خودتان انجام دهید و به درک عمیق‌تری از فرآیند کار برسید.

همچنین، فایل‌های کد کامل R نیز در اختیار شما قرار داده شده‌اند. این کدها به‌صورت منظم و هماهنگ با ویدئوهای آموزشی تنظیم شده‌اند تا بتوانید هم‌زمان با مشاهده‌ی آموزش‌ها، کدها را اجرا کرده و آنالیزهای مورد نظر را اجرا و نمودارهای لازم را رسم کنید.

ارائه این فایل‌ها باعث می‌شود شما بتوانید تمامی مراحل تحلیل را به‌صورت عملی انجام دهید، و در نتیجه، فرآیند یادگیری برایتان سریع‌تر، مؤثرتر و کاربردی‌تر باشد.