معرفی بهترین پایگاه های داده بررسی کننده میانکنش بین پروتئین ها

روش‌های شناسایی میانکنش پروتئین‌ها صدها هزار تعامل را تعریف کرده‌اند. این تعاملات در پایگاه های تخصصی بیولوژیکی جمع شده‌اند که امکان مطالعه بیشتر و مونتاژ پیش بینی ها را فراهم می‌کندپایگاه داده های اصلی بر اساس نتایج گسترده عملی به دست آمده است. سه نوع پایگاه داده برای بررسی میانکنش بین پروتئین ها وجود دارد.

آشنایی با پایگاه های داده اولیه برای  بررسی کننده میانکنش بین پروتئین ها

• پایگاه داده اولیه: این پایگاه ها داده های میانکنش ها را براساس آزمایشات تجربی اراده می نماید و این نوع داده ها از اعتبار بالایی برخوردار هستند. این نوع پایگاه های داده مانند:

DIP

 Biomolecular Interaction Network Database (BIND)

 Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID)

 Human Protein Reference Database (HPRD),

 IntAct Molecular Interaction Database

 Molecular Interactions Database (MINT)

 MIPS Protein Interaction Resource on Yeast (MIPS-MPact)

 MIPS Mammalian Protein–Protein Interaction Database (MIPS-MPPI)

آشنایی با پایگاه های داده متا برای  بررسی کننده میانکنش بین پروتئین ها

• پایگاه داده های متا: داده های میانکنشی که از این پایگاه های داده ارائه میشوند بر اساس آنالیز و ترکیب داده های پایگاه های داده اولیه می باشد. این نوع داده ها نیز از اعتبار بالایی برخوردار هستند. این نوع پایگاه های داده مانند:

Agile Protein Interactomes Dataserver (APID)

 The Microbial Protein Interaction Database (MPIDB)

 Protein Interaction Network Analysis (PINA) platform. (GPS-Prot)

 

• پایگاه داده تخمینی که بر اساس ابزار های محاسبات بدست آمده است. مانند:

Human Protein–Protein Interaction Prediction Database (PIPs)

Interlogous Interaction Database (I2D)

 Known and Predicted Protein–Protein Interactions (STRING)

 Unified Human Interactive (UniHI)