آموزش تصویری طراحی پرایمر بر اساس داده های RNAseq به زبان فارسی -

آموزش طراحی پرایمر با داده های RNAseq

RNA-seq چیست (توالی یابی RNA یا توالی یابی ترانسکریپتوم )

توالی یابی RNA که به روش RNAseq نیز معروف است، فناوری است که با بهره گیری از توانایی های توالی یابی نسل جدید (NGS) برای به دست آوردن تصویری کلی از حضور و مقدار RNA در یک بازه زمانی خاص استفاده میکند. این فناوری قابلیت توالی یابی همزمان میلیونها خوانش را دارد و توصیف کمی و کیفی دقیقتری را از بیان ژن نسبت به فناوری ریزآرایه ارایه می دهد.

توالی یابی RNA یک روش پویا و جدید برای آنالیز تفاوت بیان ژن است که بسیار دقیق تر از روش های دیگر است. شناسایی ژنهای با بیان بسیار کم مرتبط با آزمایش را میسر میکند. با هزینه معقول و رو به کاهش اطلاعات زیادی را تولید میکند. علاوه بر میزان بیان ژنها، توالی ژنها، جهشهای پیکری و سایر تنوعات موجود در توالیها را فراهم کرده و برای بررسی بیماریهای ژنتیکی از جمله سرطان بسیار مناسب است.

کاربرد روش RNAseq در شناسایی توالی ژن ها و طراحی پرایمر

اولین مرحله برای طراحی پرایمر به دست آوردن توالی RNA ژن هدف می باشد، برای موجوداتی که توالی ژنوم آن ها در دسترس نمی باشد می توان با استفاده از داده های RNAseq توالی RNA ژن هدف را شناسایی نمود و برای این توالی طراحی پرایمر نمود. علاوه براین به کمک تکنیک توالی یابی RNA می توان ایزوفرم های مختلف یک ژن را از هم تفکیک و میزان بیان رونوشت های آن ها را اندازهگیری نمود.

به مجموعه کامل از RNA تولید شده (کد کننده و غیر کد کننده) در یک یا جمعیتی از سلول ترانسكريپتوم گفته می شود. که یک روش کاربردی و مهم در شناسایی ترانسکریپتوم، تکنیک RNA-Seq است. همچنین می توان به تعیین نمایه ترنسکریپتوم و سطوح بیان ژن، چندشکلی تکنوکلئوتیدی یا SNP عناصر تکراری، وقایع اتصال جایگزین، پیداکردن RNAهای غیرکدکننده، بهبود تفسیر ژنی، پیداکردن اگزون های ژنی، ژنها و ترنسکریپتهای جدید، پیداکردن ترنسکریپت های در جهت مخالف، نواحی غیرترجمه شونده کدونهای آغازگر جایگزین رونویسی، قابهای بازکننده آغازگر رونویسی، ژنهای بیان شده اشاره نمود.