آموزش سایت PReMod برای ترسیم شبکه فاکتورهای رونویسی ( ترانسکریپشن فاکتور ) و ژن ها

سایت PReMod از جمله سایت هایی می باشد که از طریقه وارد نمودن اسم ژن فاکتورهای رونویسی متصل شونده را شناسایی می نمایید و بر اساس محل اتصال این فاکتورها چندیدن ماژول (یا واحد رونویسی) را جهت شناسایی هسته پروموتر ارائه می نماید. آدرس سایت:

http://genomequebec.mcgill.ca/PReMod/search/module

شکل فوق: نحوه وارد نمودن اطلاعات در سایت PReMod

در صفحه نتایج می توان اسم ژن مورد نظر و در زیر آن ماژول های شناسایی شده را مشاهده نمود. به دلیل اینکه جهت ژن ما از چپ به راست می باشد (سمت 5 ژن سمت چپ و سمت 3 ژن به سمت راست) و به دلیل اینکه پروموتر در بالادست ژن ها قرار دارد ( سمت 5) بنابراین ماژول هایی که در سمت بالادست ژن ما قرار دارند می توانند ماژول های پروموتری باشند. در شکل فوق 4 ماژول شناسایی شده است که دو ماژول سمت چپ در ناحیه پروموتر ما واقع شده اند. با کلیک برروی هر ماژول میتوان فاکتورهای رونویسی موجود در هر ماژول را مشاهده نمود (شکل زیر).

جدول فوق لیست همه فاکتورهای رونویسی را به همراه امتیاز هر فاکتور و تعداد جایگاه اتصال در ماژول نشان میدهد. با انتخاب فاکتورهای رونویسی ( زدن تیک حداکثر 5 عدد) می توانید نقشه مورد نظر خود را برای اتصال فاکتورهای رو نویسی تهیه نمایید.

شکل فوق: در یافت توالی ماژل مورد نظر.

برای ماژول بعدی نیز میتوان همین گونه عمل نمود.