آشنایی با نرم افزار chromas

شکل 1: فرض کنیم که شما قطعه خود که از طریق PCR تکثیر شده است را برای تعیین توالی فرستاده اید و فایل تعیین توالی را دریافت نموده اید. فایل های تعیین توالی معمولا دارای پسوند .abi در اخر خود هستند. حال باید با استفاده از این فایل توالی خود را استخراج نماییم. برای این کار باید از نرم افزار Chromas استفاده نمود

شکل 2: نمای کلی نرم افزار کروماس. برای باز نمودن توالی ها در این نرم افزار باید از زبانه File گزینه open را انتخاب نمود و سپس از پنجره ای که باز میشود فایل توالی خود را وارد نماییم.

شکل 3: شکل توالی باز شده توسط نرم افزار کروماس. در بالا توالی قطعه ژنوم و در پایین پیک های هر نوکلئوتید را مشاهده میکنید. توجه کنید که 40 نوکلنئوتید ابتدایی هر توالی معمولا داری پیک های نا مشخص می باشند بنابراین نباید به توالی 40 نوکلئوتید ابتدایی توجه کرد. همین طور در قطعات بزرگ نیز معمولا از نوکلئوتید حدود 600 به بعد پیک ها حالتی نا مشخص به خود میگیرند. پس در گام اول توالی را با نرم افزار کروماس بررسی میکنیم تا دارای پیک های واضح و جداگانه باشد در غیر این صورت نمی توان به توالی اعتماد کرد.

شکل 4: نمونه ای از پیک های به هم ریخته و غیرقابل اعتماد

شکل 5: نمونه ای از پیک های به هم ریخته و غیرقابل اعتماد در ابتدا (شکا بالا 25 نوکلئوتید اول) و انتهای (شکل پایین) یک فایل توالی یابی

شکل 6: برای استخراج توالی از گزینه file گزینه bach export را انتخاب میکنیم تا صفحه زیر باز شود.

شکل 7: در پنجره باز شده فایل توالی را انتخاب میکنیم و سپس بدون تغییر سایر گزینه ها روی Export کلیک میکنیم. در همان فولدری که فایل توالی یابی قرار دارد توالی استخراج گردد.

شکل 8: توالی استخراج شده را می توان برای بلاست به کار برد.