وبسایت Hugo یک کمیته برای نام گذاری ژنهای انسانی می باشد. از آن جایی که ارائه نام صحیح و علمی ژنها در متون علمی مثل مقالات و پایان نامه ها بسیار ضروری می باشد، با استفاده از این پایگاه می توان اسم رسمی ژن ها را جستجو نمود.
در این آموزش ابتدا نحوه دریافت توالی یک اگزون از ژن در یاپگاه داده NCBI آموزش داده شده است، در ادامه نحوه طراحی پرایمر برای توالی یابی این قطعه با استفاده از نرم افزار primer 3 ارائه شده است.
اولین مرحله برای طراحی پرایمر به دست آوردن توالی ژن هدف می باشد، برای موجوداتی که توالی ژنوم آن ها در دسترس نمی باشد می توان با استفاده از دادههای RNAseq توالی ژن هدف را شناسایی نمود و برای این توالی طراحی پرایمر نمود.
بانک اطلاعاتی mirbase پایگاه جامعی از اطلاعات مربوط به توالی‌های میکروارناها می‌باشد که به آدرس mirbase.org در دسترس است. با جستجو در این پایگاه می توان توالی میکروارنا در همه گونه ها را به دست آورد.
نرم افزار RNAhybrid یک ابزار بیوانفورماتیکی برای شناسایی ژن های هدف میکروارناها می باشد. علاوه براین با استفاده از این نرم افزار میتوان ساختار و نحوه اتصال میکروارناها به ژن هدف را به صورت کمی مورد بررسی قرار داد.
برای رفع خطای ‘Error: ‘exprs<-‘ is not an exported object from ‘namespace:affy در پکیج piano فایل زیر را دانلود نمایید و سپس مطابق فیلم آموزشی عمل
آموزش پیش بینی ساختار سوم پروتئین . فیلم آموزشی فارسی پیش بینی ساختار سوم و دوم پروتئین با استفاده از روش swiss model و با کمک پایگاه داده NCBI در این بخش ارائه شده است.
فیلم آموزش بررسی عملکرد پروتئین ها از طریق پیش بینی وجود سیگنال پپتید در ساختار پروتئین با استفاده از نرم افزار signalp در این قسمت ارائه شده است.
فیلم آموزش پیش بینی جایگاه قرارگیری پروتئین ها در اندامک های سلولی با استفاده از نرم افزار targetp و به زبان فارسی در این بخش ارائه شده است.
فیلم آموزش طراحی پرایمر : آموزش نرم افزار الیگو آنالایزر (oligo analyzer) برای بررسی ویژگی های پرایمرها مانند تغیین میزان Tm، درصد CG برای پرایمرها و همچنین بررسی ساختارهای ثانویه برای پرایمرها در این قسمت ارائه شده است.
