معرفی برخی از نرم افزار ها به منظور پیش بینی و شناسایی میکروارناها (miRNAها) در ژنوم

نرم افزار SSC profiler برای پیش بینی و شناسایی میکروارناها (miRNAها)

نرم افزار SSC profiler از ویژگی های مربوط به توالی، ساختار و حفظ شدگی برای شناسایی miRNAهای جدید استفاده می کند. آنالیز بیانی انجام شده توسط این نرم افزار با استفاده از داده های حاصل از tilling array بدست می آید.

http://mirna.imbb.forth.gr/SSCprofiler.html

نرم افزار MirEval برای پیش بینی و شناسایی میکروارناها (miRNAها)

با استفاده از این نرم افزار به منظور شناسایی توالی های شبه پیش سازهای miRNA، می توان به طور همزمان تا 10000 نوکلئوتید را آنالیز کرد. این آنالیز بر اساس چهار ویژگی اصلی miRNA، شامل ساختار ثانویه، حفظ شدگی توالی، بررسی کلاسترها و شباهت با miRNAهای ثبت شده در miRBase انجام می شود (شکل1-9). کاربر می تواند آنالیز توالی موردنظر را با استفاده از یک یا هر چهار ویژگی انجام دهد.

https://omictools.com/mireval-tool

نرم افزار MiPred برای پیش بینی و شناسایی میکروارناها (miRNAها)

در نرم افزار MiPred که در سایت http://www.bioinf.seu.edu.cn/miRNA/ در دسترس است (شکل1-10) به منظور تمایز ساختارهای واقعی از غیرواقعی، چندین ویژگی مربوط به pre-miRNAها شامل ویژگی های مربوط به ترکیب توالی و ساختار، حداقل انرژی آزاد ساختار ثانویه شکل گرفته و همچنین P-Value نرمال سازی با هم بررسی می شود.

نرم افزار microprocessor برای پیش بینی و شناسایی میکروارناها (miRNAها)

علارغم اینکه تقریباً تمامی miRNAهای انسانی در گونه های دیگر هم حفظ شده هستند ولی برخی از آن ها فقط خاص پستانداران هستند.

نرم افزار CID-miRNA برای پیش بینی و شناسایی میکروارناها (miRNAها)

با مراجعه کابر به http://mirna.jnu.ac.in/cidmirna/ دسترسی به این وب سرور امکان آنالیز توالی با طول بین 60 تا 1000 نوکلئوتید مقدور می باشد

بررسی میزان حفظ شدگی توالی miRNA پیش بینی شده در به سایت UCSC Genome Browser

https://genome.ucsc.edu/