منظور از ژن هدف در ریل تایم (real time pcr) چیست؟

 منظور از ژن هدف، ژنی می باشد که محقق می خواهد تغییرات بیان آن را در چند گروه بررسی نماید.

مفهوم  ژن کنترل داخلی (ژن رفرنس) در بررسی بیان ژن ها به وسیله  ریل تایم (real time pcr) چیست؟

 ژنی که در همه نمونه ها و گروه ها دارای بیان ثابتی می باشد و برای اصلاح خطاهای تکنیکی از آن استفاده می شود. با استفاده از این ژن می توان تغییرات حاصل در بیان ژن هدف که ناشی از روش کار و کتنیک می باشد را از بین برد تا تغییرات ژن هدف تنها در بین نمونه ها مورد بررسی قرار گیرد. به ژن کنترل داخلی، ژن رفرنس نیز گفته می شود.

کاربررد اسپایک  (Spike) در بررسی بیان ژن ها به وسیله ریل تایم (real time pcr) چیست؟

Spike رشته های RNA سنتزی با غلظت های مشخص می باشد. بعد از استخراج RNA و هنگام سنتز cDNA میزان یکسانی از RNAهای spike را به همه نمونه ها اضافه می نمایند و سپس سنتز cDNA انجام می پذیرد. برای رشته های spike نیز پرایمر طراحی شده است و از آن ها در واکنش ریل تایم استفاده می شود. بنابراین در ریل تایم  برای هر نمونه علاوه بر محاسبه Ct برای ژن رفرنس و ژن هدف، برای spike نیز Ct محاسبه می شود. به دلیل اینکه میزان RNAهای spike برای همه نمونه ها یکسان می باشد میزان Ct محاسبه شده در همه نمونه ها برای spike باید برابر باشد. در واقع spike مشخص کننده کیفیت سنتز cDNA می باشد. اگر Ct گزارش شده برای Spike در یک نمونه بالا باشد می توان نتیجه گرفت که مراحل سنتز cDNA برای آن نمونه دارای مشکل می باشد.