برای ترسیم شبکه بین پروتئین ها و یا ژن ها می توان از نرم افزار cytoscape که دارای امکانات بسیار زیادی می باشد استفاده نمود.

آموزش آماده سازی داده ها برای وارد نمودن در نرم افزار سایتواسکیپ (cytoscape)

برای این کار ابتدا جدول زیر را برای تمام ژن ها در اکسل ترسیم مینماییم.

شکل فوق : در تهیه اکسل حتما در خانه A1 کلمه source و حتما در خانه B1 کلمه target را وارد نمایید. هر edge دارای 2 node می باشد پس در ستون source اسم پروتیئن اول (nod اول) را وارد نمایید و در ستون target اسم پروتیئن ای (node دوم) که با پروتیئن اول میانکنش دارد را وارد نمایید . به دلیل اینکه هر پروتیئن می تواند با چند فاکتور رونویسی میانکنش بدهد بنابراین شما باید چندیدن سطر را به یک پروتیئن و پروتئین هایی که با ان میانکنش میدهد اختصاص دهید. در ستون evidence تعداد مقالات و یا شواهدی که تایید کننده هر میانکنش می باشد را وارد نمایید. به عنوان مثال ردیف دوم بیانگر وجود میانکنش بین پروتئین های smad3 و smad4 می باشد که این میانکنش توسط 50 مستند تایید شده است.

سپس از طرق منوی file و سپس save as فایل اکسل را صروت .text (tab delimited) ذخیر نمایید.

آموزش ترسیم شبکه با نرم افزار cytoscap

با استفاده از نرم افزار cytoscap فایل فوق را به صورت شبکه میانکنش ها ترسیم خواهیم نمود. برای باز نمودن فایل فوق در نرم افزار مانند شکل های زیر عمل نمایید.

سپس برروی ok کلیک کنید تا شبکه به صورت خودکار ساخته شود همانند شکل زیر

برای تغییر شکل شبکه فوق مانند شکل های زیر عمل کنید

سپس از بین style های نشان داده شده در شکل زیر استایل مورد نظر خود را انتخاب نمایید

با کمی جستجو در نرم افزار (کادر قرمز رنگ شکل فوق) میتوانید استایل مورد نظر خود را نیز بسازید البته در شکل های بعدی sourceها و target ها مربوط به میانکنش بین ژن و میکروRNA ها می باشد اما اصول کار از اینجا به بعد برای همه میانکنش ها یکسان است.

برای ذخیره کردن شبکه به صورت عکس با شکل زیر عمل نمایید

فرمت عکس و محل ذخیره آن را تعیین نمایید و سپس برروی ok کلیک کنید

در شکل فوق می توانید کیفیت عکس را تعیین نمایید.