آموزش تعیین میانکنش بین پروتئین ها با سایت BioGRID

سایت BioGRID جامعترین سایت برای تعیین میانکنش بین پروتئین ها با داده های تجربی و آزمایشگاهی می باشد. که به کاربران امکان ترسیم شبکه های میانکنشی به صورت آنلاین را هم فراهم می آورد.

لینک ورد به سایت: https://thebiogrid.org/

آموزش بررسی برهمکنش پروتئین ها با یکدیگر در سایت BioGRID

شکل فوق: صفحه اصلی سایت BioGRID به شکل بالا می باشد. برای بررسی میانگنش ها بین پروتئین ها ابتدا گزینه by gene را انتخاب نمایید و سپس اسم ژن مورد نظر را وارد نمایید که در اینجا ژن smad3 انتخاب شده است. در مرحله سوم گونه مورد نظر خود را انتخاب نمایید و سپس برروی submid کلیک کنید.

شکل فوق: در صفحه نتایج، قسمت های فوق وجود دارد. در بخش اول ژن مورد نظر ما نشان داده میشود.

در قسمت دوم: تعدا مقالاتی که میانکنش ژن مورد نظر ما را با سایر ژن ها مورد بررسی قرار داده اند نشان داده می شود. در شکل فوق 231 مقاله وجود دارد. در این 231 مقاله 724 میانکنش بین پروتئین ها به اثبات رسیده است که 718 میانکنش به صورت فیزیکی و 6 میانکنش به صورت ژنتیکی می باشد. از 718 میانکنش فیزیکی 192 میانکنش با تکنیک های high throughput به دست آمده است (روش هایی که تمام میانکنش ها را مشخص می نماید) و 526 میانکنش با تکنیک های low throughput حاصل شده اند (روشی که میانکنش بین یک پروتئین با پروئین های مورد نظر را بررسی میکند).

در قسمت 3: فرایند هایی که این پزوتئین در آنها شرکت دارد را نشان میدهد. GO process بیانگر فرایندهایی هست که که پروتئین مورد نظر ما در آن شرکت دارد. GO function بیانگر عملکرد پروتئین ما می باشد و GO component نشان دهنده محل استقرار پروتئین ما در سلول می باشد.( شکل زیر)

شکل فوق: پروتیئن مورد نظر ما در 35 فرایند داخل سلولی نقش دارد که این فرایند ها لیست شده اند.

شکل فوق: پروتیئن مورد نظر ما دارای 24 عملکرد در داخل سلول می باشد که این عملکرد ها لیست شده اند.

شکل فوق: محل استقرار پروتیئن ما در داخل سلول

شکل فوق: قسمت فیلتر ها که سه گزینه دارد. گزینه اول: هیچ فیلتری. گزینه دوم: حذف میانکنش هایی که با تکنیک های high throughput به دست آمده است. گزینه سوم: حذف میانکنش هایی که با تکنیک های low throughput به دست آمده است. ( در بیشتر مواقع میانکنش هایی که با تکنیک های low throughput به دست آمده است دارای اعتبار بیشتری می باشد)

شکل فوق: در قسمت 4 ، میانکش بین پروتئین ها را می توان مشاهده نمود. در شکل فوق برای پروتئین ما 341 عدد interactor که همان پروتیئن ها می باشند، شناسایی شده است. و 724 میانکنش بین 341 عدد پروتئین وجود دارد ( به دلیل اینکه ممکن است میانکنش بین دو پروتئین با چندیدن روش تایید گردد تعداد اینتراکش ها بیشتر از تعداد interactor می باشد ). بخش network قسمت 4 میانکنش ها را به صورت شبکه نشان خواهد داد. و قسمت PTM بیانگر تغییرات پس از ترجمه در پروتئین ما می باشد.

شکل فوق: در شکل فوق 5 عدد از 341 عدد پروتئنی که با پروتئین مورد نظر ما میانکنش دارد را نشان می دهد. در جلو هر پروتئین در کادر زرد رنگ تعداد مستنداتی که این میانکنش را تایید میکند نشان داده شده است. به عنوان مثال میانکنش بین پروتئین ما (smad3) و پروتئین SMAD4 با 50 مقاله یا روش مختلف به اثبات رسیده است. برای مشاهده این مستندات برروی کادر های زرد رنگ کلیک کنید ( شکل زیر).

قسمت interaction که بیانگر تمام روش های تایید کننده میانکنش های پروتئین ها با پروتئین مورد نظر ما می باشد حاوی اصلاعات زیر می باشد. با نگه داشتن موس برروی اسامی نویسندگان می توانید مقاله تایید کننده میانکنش را مشاهده بفرمایید(شکل زیر).. تمام پروتیئن های که در این قسمت نشان داده می شوند با پروتئین مورد نظر ما که همان smad3 می باشد میانکنش دارند.

شکل فوق: در قسمت network می توانید میانکنش ها را به صورت شبکه مشاهده نمایید. در هر شبکه به پروتیئن ها به اصلاح Node و به میانکنش بین دو node به اصطلاح edge گفته میشود. در شکل فوق node ها به شکل آبی ( به غیر پروتئین smad3 که پروتئین مورد نظر ما می باشد) و edge ها به صورت خطوط زرد و بنفش رنگ مشاهده می گردد. شکل زیر نحوه رنگ بندی node ها و edge ها را نشان میدهد

شکل فوق: نحوه رنگ بندی node ها و edge ها.

شکل فوق: قسمت 1: برای ذخیر شبکه به صورت عکس. قسمت 2: برای اعمال فیلتر ها برروی شبکه. قسمت 3: تنظیم برزگنمایی. قسمت 4: تعیین تعداد مستنداتی که میانکنش بین دو پروتیئن را اثبات می کنند. عدد 2 به معنی این است که فقط میانش هایی نشان داده شود که حداقل توسط 2 روش و یا 2 مقاله تایید شده باشد. موقعی که شبکه شلوغ باشد می توان این عدد را افزایش داد تا میانکنش هایی که دارای ارزش کمی هستند حذف گردند. قسمت 5: برای شکل دادن به شبکه و تنظیم جلوه های بصری شبکه می باشد

شکل فوق: کاهش تعداد پروتیئن ها و میانکنش ها بعد از افزایش تعداد “حداقل مستندات”

شکل فوق: گزینه های فیلتر کردن. که شامل حذف میانکنش های فیزیکی، حذف میانکنش های ژنتیکی و میانکنش های شیمیایی بین پروتئین ها می باشد.

شکل فوق: گزینه layout دارای 4 گزینه برای بهبود وضعیت بصری شبکه می باشد.

شکل های فوق نشان دهنده حالات مختلف بصری شبکه می باشند.

با کلیک برروی هر edge که بیانگر میانکنش ها می باشد می توانید مستندات تایید کنند این میانکنش را مشاهده فرمایید.

همچنین با چپ کلیک برروی هر node می توانید مکان آن را جابجا نمایید

قسمت ptm بیانگر تغییرات پس از ترجمه برروی پروتئین مورد نظر ما می باشد.