آموزش شنایی مسیرها و ژن های تنطیم شونده توسط میکروارناها

چگونه مشخص نماییم یک (یا چند) میکروارنا چه مسیر سیگنالی را تنطیم می نماید؟

جواب:

به سایت mirpath به آدرس زیر بروید

http://snf-515788.vm.okeanos.grnet.gr/index.php?r=mirpath

مرحله 1: گونه مورد نظر را انتخاب نمایید

مرحله2: اسم یک میکروRNA را وارد نمایید (اسم کامل میکروRNA)

مرحله 3: یکی از سه پایگاه داده را انتخاب نمایید:

✅پایگاه TarBase 7: این پایگاه داده میانکنش میکروRNA با ژن هایی را نشان می دهد که به صورت تجربی در آزمایشگاه تایید شده است.

✅پایگاه microT-CDS: این پایگاه داده میانکنش میکروRNA با ژن هایی را نشان می دهد که به وسیله نرم افزار microT-CDS پیش بینی شده است.

✅پایگاه TargetScan: این پایگاه داده میانکنش میکروRNA با ژن هایی را نشان می دهد که به وسیله نرم افزار TargetScanپیش بینی شده است.

گزینه 4: برروی علامت + کلیک نمایید.

در صورتی که بیش از یک میکروRNA را بررسی می نمایید، با استفاده از 4 مرحله فوق میکروRNAهای دیگر را نیز وارد نمایید.

 

مرحله 5: در این قسمت اسم مسیرهای سیگنالی ای که ژن های آن توسط میکروRNAهای وارد شده تنطیم می گردد را مشاهده می نمایید.

مرحله6: در این قسمت تعداد ژنهای هر مسیر که توسط میکروRNAهای وارد شده تنطیم می شود را نشان می دهد

مرحله 7: در این قسمت تعداد میکروRNAهایی که ژنهای هر مسیر را تنطیم می می نماید را نشان می دهد

برروی اسم هر مسیر کلیک کنید تا مسیر سیگنالی و ژن های آن را مشاهده نمایید.

شکل فوق: بعد از کلیک برروی اسم هر مسیر سلولی همانند شکل زیر اسم ژن ها و نقش آن ها در مسیر سلولی مورد نظر را مشاهده می نمایید

نکته:

بوسیله نرم افزار mirPath v3.0 می توانید مسیرهای سیگنالی را که به صورت مشترک بوسیله چندین میکروRNA تنظیم می گردند تعیین نمایید

در کادر 1 مانند آنچه قبلا گفته شد اسم میکروRNAها را وارد نمایید تا به کادر 2 اضافه شوند. سایر مراحل مانند پست های قبلی می باشد.