طراحی پرایمر  معیار مهم در موفقیت آمیز بودن PCR است. واکنش زنجیره ای پلیمراز یک واکنش آنزیمی است که از اصول ریاضی ساده و قابل فهم پیروی می کند. این واکنش در محیط in vitro قادر به تکثیر یک قطعه از DNA در مقیاس لگاریتمی است که اساس ظهور بیولوژی مولکولی مدرن می باشد؛ چرا که تکثیر انتخابی مولکول های اسید نوکلئیک از یک منبع اولیه با مقدار کم، زمینه بررسی دقیقتر این مولکولها را فراهم می آورد. بکار بردن اصول صحیح طراحی پرایمر، اختصاصیت و حساسیت PCR را بهبود می بخشد. این اصول شامل پارامترهای طول، Tm، Ta ، مقدار ،GC نوکلئوتیدهای انتهایی پرایمر و نیز طول و محتوای GC قطعه هدف می باشد. در این مطالعه سعی شده است که با ارائه مهم ترین اصول طراحی پرایمر و معرفی چندین سایت تخصصی بیوانفورماتیکی مرتبط و به روز، چگونگی طراحی پرایمر نشان داده شود. در طراحی پرایمر این اصول زیر را باید همیشه مد نظر قرار دهیم: طول‌ متوسط‌ هر پرایمر بین‌ ۲۵-۱۸ جفت ‌باز باشد، پرایمر با طول‌ کوچک‌ اتصال‌ غیر اختصاصی‌ را افزایش‌ داده و پرایمر بزرگ سرعت‌ هیبریداسیون‌ را کم‌ می‌کند. درصد GC  پرایمر های مستقیم و معکوس نزدیک هم باشد که در حالت ایده آل حدود ۶۰-۴۵ درصد می باشد. پرایمر های مستقیم و معکوس نباید مکمل همدیگر باشند، زیرا باعث تولید پرایمر دایمر می شود که به ویژه در Real time PCR  مشکل ایجاد می کند. در انتهای‌ ۳ پریم پرایمر باید حداقل یک پورین( G یا C ) قرار گیرد ولی در عین حال باید دقت کرد که انتهای ۳ پریم غنی از پورین نباشد. – باید تا حد امکان‌ از توالی‌ های‌ پالیندرومیک‌ (برای مثال GTTAAC ) در ۳^/ پرایمر جلوگیری‌ کرد، زیرا احتمال تشکیل پرایمر دایمر را افزایش می دهند. در حد امکان  تعداد پورین ها با پریمیدین ها برابر باشد. از توالی های تکراری (برای مثال AAAAAA ) در پرایمر، به ویژه در ۳ پریم جلوگیری شود. دمای Tm ‌دو پرایمر نزدیک‌ هم‌ باشد.

بنابراین:

• طول پرایمر ها باید بین ۱۸ تا ۲۵ نوکلئوتید باشد.
• دمای Tm دو پرایمر فوروارد و معکوس باید نزدیک به هم باشد. پرایمر ها باید از نظر درصد GC در حد نرمال باشند(حدود ۴۵تا۶۰ درصد).
• پرایمر ها نباید ساختار سنجاق سری تشکیل دهند.

پرایمر ها تشکیل Self-Dimer و یا Hetero-Dimer ندهد.

[divider]

ادامه آموزش به صورت فیلم به زبان فارسی