آشنایی با نقش سیگنال پپتید (signal peptide) در پروتئین ها و عملکرد آن در مکان یابی پروتئین

پروتئینها دارای سیگنالهای طبیعی هستند (با نام سیگنال پپتید یا پپتید نشانه) که هدایت و جاگیری آنها را در سلول کنترل میکنند. انواع مختلف سیگنال هدایتگر وجود دارد. یکی از متداولترین آنها توالی کوتاه پپتیدی است که سیگنال پپتید یا توالی هدایتگر نامیده میشود و این توالی کوتاه پپتید نشانه، مثل آدرس پستی مقصد نهایی پروتئین ها را برای ترشح یا برای انتقال به ارگانل های مخصوص بر عهده دارند. بنابراین شناسایی سیگنال پپتید برای پی بردن به نقش پروتئین ها دارای اهمیت می باشد

آموزش سایت SignalP برای شناسایی سیگنال پپتید (signal peptide) در پروتئین ها

با استفاده از سایت Signalp می توان وجود سیگنال پپتید ها را در پروتئین ها شناسایی نمود. برای این کار نیاز به توالی پروتئین ها می باشد.

آدرس سایت:

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

ابتدا باید در کادر 1 نوع گونه مورد بررسی را تعیین نمایید

سپس در کادر 2 توالی پروتئین را وارد نمایید

سایر تنظیمات را بر روی پیش فرض برنامه بگذارید

و بر روی گزینه Submit کلیک نمایید تا توالی آنالیز شود.

در صورتی که در زیر عبارت signal peptide? کلمه YES قرار گرفته باشد نشانه این است که پروتئین دارای سیگنال پپتید در ابتدای توالی می باشد. و عبارت Cleavage site between جایگاه برش را برای جداسازی سیگنال پپتید نشان می دهد در مثال فوق جایگاه برش بین اسید آمینه شماره 27 تا 8 (Cleavage site between pos. 27 and 28) قرار گرفته است.

در صورتی که پروتئین فاقد سیگنال پپتید باشد در زیر عبارت signal peptide? کلمه NO قرار می گیرد.