آموزش پایگاه داده gene expression atlas برای دریافت داده های بیان ژن ها مانند میکرواری و ریل تایم و rnaseq
پایگاه داده gene expression atlas به آدرس زیر یکی از جامع ترین منابع برای بررسی بیان ژن ها در نمونه های مختلف می باشد.
https://www.ebi.ac.uk/gxa/home
برای بررسی بیان یک ژن، در صفحه اصلی این نرم افزار مانند شکل فوق ابتدا اسم ژن را وارد نمایید و سپس از بین لیست ژن هایی که ارائه می گردد، ژن مورد نظر را انتخاب نمایید. سپس در مرحله 2 گونه مورد نظر را انتخاب نمایید و سپس برروی گزینه search کلیک نمایید.
در صفحه نتایج ارائه شده: در کادر1 می توان مشخص نمود که بیان ژن مورد نظر بر اساس اندام ها، سل لاین ها و یا بیماری های مختلف مانند سرطان ها نمایش داده شود. کادر 2 بیانگر نوع نمونه ای می باشد که بیان ژن در آن بررسی شده است. و کادر 3 نشان دهنده مطالعات مختلفی می باشد که بیان ژن ها را مورد بررسی قرار داده اند. در شکل فوق رنگ ها بیانگر میزان بیان می باشند و هر چه رنگ نمایش داده شده، شدیدتر باشد درنتیجه بیان ژن در آن نمونه بیشتر می باشد. با کلیک برروی هر مطالعه در کادر 3 نتایج آن مطالعه نمایش داده می شود. با نگه داشتم موس برروی هر رنگ داده کمی بیان ژن مورد بررسی در هر نمونه نمایش داده خواهد شد.
برای دانلود نتایج به صورت کمی می توانید از گزینه download گزینه table content را انتخاب نمایید تا فایل مربوطه دانلود شود. می توانید فایل دانلود شده را نرم افزار اکسل باز نمایید.
در صفحه نتایج برای هر مطالعه: در کادر 1 نوع مقیاس نمایش داده ها را انتخاب نمایید. گزینه TPM داده ها را بر اساس Transcripts Per Million نمایش خواهد داد. FPKM داده ها را به صورت Fragments Per Kilobase Million نمایش خواهد داد. مقادیر بالاتر برای این دو مقیاس بیانگر بیان بالاتر می باشد. کادر 2 بیانگر میزان بیان ژن انتخاب شده بر حسب نوع بافت می باشد.
با نگه داشتن موس بر روی هر خانه از نتایج فوق، میزان بیان ژن مرد نظر در نمونه انتخاب شده نمایش داده خواهد شد.
آموزش دریافت داده های بیان ژن ها مانند میکرواری و ریل تایم و rnaseq
برای دانلود داده ها برروی گزینه Download کلیک نمایید.
در پنجره باز شده مشخص نمایید که همه نتایج و یا نتایج بخشی که نمایش داده شده است دانلود شود.
با کلیک برروی گزینه فوق نتایج بیان ژن به صورت boxplot نمایش داده خواهند شد.
نمایش نتایج بیان ژن در هر نمونه به صورت باکس پلات.
با نگه داشتن موس برروی هر نمونه کمترین، بیشترین و میانگین بیان هر ژن در نمونه مورد نظر نمایش داده خواهد شد.
در منوی Excrement Design می توانید مشخصات هر نمونه مورد بررسی را مشاهده نمایید. جهت دانلود مشخصات همه نمونه ها از گزینه Download استفاده کنید سپس فایل دانلود شده را با نرم افزار اکسل باز نمایید.
در زبانه Download نیز می توانید همانند شکل فوق نتایج بیان همه ژن ها را نمونه های مورد بررسی را دانلود نمایید.
جهت دانلود نتایج بیانی همه ژن ها می توانید یکی از گزینه های کادر 1 را انتخاب نمایید تا نتایج با مقیاس مورد نظر دانلود شود. فایل دانلود شده را می توانید توسط نرم افزار اکسل باز نمایید و یا توسط نرم افزار های مربوطه مجدا آنالیز نمایید. برای دانلود نمونه های مورد بررسی که در کادر 1 نتایج آن ها را دانلود نموده اید، نیز گزینه Experiment Design را انتخاب نمایید.
در پایگاه داده gene expression atlas می توانید بیان چندین ژن را هم زمان مورد بررسی قرار دهید برای این کافی است که اسم همه ژن ها را در کادر فوق به صورت تک به تک وارد نمایید. سپس برروی گزینه search کلیک نمایید.
نمایش نتایج بیان ژن های وارد شده. برای دانلود نتایج به صورت کمی همانگونه که قبلا گفته شد عمل نمایید.
تا کنون نتاجی که در مورد آن توضیح دادیم مربوط به نتایج سطح پایه بیان ژن بوده است. در صورتی که میخواهید بیان یک ژن را در دو گروه (مانند نمونه سرطانی را با غیر سرطانی) مقایسه نمایید. باید زبانه Differential expression را انتخاب نمایید.
در زبانه زبانه Differential expression در کادر 2 مشخص نمایید که چه نوع داده هایی نمایش داده شود. به عنوان مثال با انتخاب گزینه Disease نتایج تغییرات بیان ژن مورد نظر در گروه سالم نسبت به بیمار نمایش داده خواهد شد. در کادر 3 نوع گروه هایی که که اختلاف بیان ژن مورد نظر در آن ها بررسی شده است نمایش داده می شود. کادر 4 عنوان مقاله ای است که نتایج از آن گرفته شده است و کادر 5 بیانگر کاهش بیان و یا افزایش بیان ژن مورد بررسی می باشد. رنگ قرمز نشانه افزایش بیان و رنگ آبی بیانگر کاهش بیان ژن می باشد. برای اینکه میزان کاهش و یا افزایش بیان به صرت کمی نشان داده شود برروی گزینه Display log2-fold change کلیک نمایید.
با کلیک برروی گزینه Display log2-fold change نتایج تغییرات بیان ژن مورد بررسی در گروه ها به صورت کمی نمایش دده می شود. داده های ارائه شده از نوع log2-fold change می باشد. برای تبدیل log2-fold change به تغییرات بیانی همانند شکل زیر عمل نمایید. همچنین با نگه داشتن موس بر روی گروه ها در ستون Comparison، مشخصات نمونه های مورد بررسی در هر گروه نمایش داده خواهد شد. در شکل فوق تغییرات بیان ژن در 28 نمونه سرطان تخمدان نسبت به 8 نمونه بافت سالم سنجیده شده است.
نحوه محاسبه تغییرات بیان ژن از روی log2-fold change. اگر log2-fold change برابر یا 2.2 باشد در نتیجه تغییر بیان ژن مورد بررسی برابر است با 4.6 برابر. بنابراین ژن مورد بررسی 4.6 برابر افزایش بیان یافته است.
