این آموزش شامل موارد زیر می شود:
-
آموزش نحوه جستجوی ژن ها در سایت UCSC
- آموزش بررسی بیان ژن ها در بافت های مختلف با داده های RNA-seq در سایت ucsc
- آموزش تعیین عملکرد مولکولی و هم چنین فرایندهای زیستی ژن ها در سایت UCSC
- آموزش تعیین مسیرهای سیگنالی مرتبط برای ژن ها در سایت UCSC
- آموزش بررسی بیان ژن ها در بافت های مختلف با داده های میکرواری در سایت ucsc
- آموزش شناسایی دومین های پروتئین و ساختار سه بعدی پروتئن ها در سایت UCSC
یکی از سایت‌های بسیار مفید برای بررسی اطلاعات ژن ها مانند بیان آن ها در بافت های مختلف سایت UCSC به آدرس زیر میباشد.
برای جستجوی ژن‌ها در سایت UCSC در صفحه اصلی این سایت همانند شکل فوق از منوی GenomesGenomes گزینه Human GRCH38/hg38 را انتخاب نمایید تا به صفحه زیر منتقل شوید.
در صفحه باز شده همانند شکل فوق در کادر 1 اسم ژن موردنظر خود را وارد نمایید. درصورتی‌که اسم واردشده برای سایت UCSC شناخته‌شده باشد چند گزینه با پیشنهاد می‌دهد، بعد از انتخاب ژن موردنظر بر روی گزینه go کلیک نمایید.
نکته: درصورتی‌که سایت گزینه‌ای را برای اسم واردشده پیشنهاد ننمود نیز بر روی گزینه go کلیک نمایید.
بعد از کلیک بر روی گزینه go به صفحه زیر منتقل خواهید شد.
در صفحه باز شده سایت UCSC چندین ژن را برای عبارت جستجو شده در قسمت Known Genes نشان می‌دهد که در این قسمت باید بر روی ژن موردنظر خود کلیک نمایید.
با کلیک بر روی ژن موردنظر به صفحه فوق منتقل خواهید شد که در آن می‌توانید ژن انتخاب شده خود را مشاهده نمایید. درصورتی‌که در پنجره فوق اسم ژن موردنظر خود را مشاهده ننمودید بر روی گزینه default tracks کلیک نمایید. در مورد اطلاعاتی که در پنجره فوق به نمایش در آمده است در ادامه توضیحاتی را ارائه خواهیم داد.
برای مشاهده اطلاعات هر زن همانند شکل فوق بر روی شکل گرافیکی ژن‌ها کلیک نمایید و با کلیک بر روی شکل ژن‌ها به صفحه زیر منتقل خواهید شد.
در شکل فوق، توضیحاتی در مورد ژن مورد بررسی، نقش آن، اندازه و تعداد اگزون ها مشاهده می‌نمایید.
در جدول فوق می توانید اطلاعات زیر را مشاهده نمایید:
Microarray Expression: مشاده بیان ژن در بافت ها و نمونه های مختلف با تکنیک میکرواری
Protein Structure: مشاهده ساختار سه بعدی و همچنین دومین های پروتئین
GO Annotations: مشاهده عملکرد مولکولی و فرایند زیستی که ژن مورد بررسی در آن ها دخیل میباشد.
RNA-Seq Expression: مشاهده بیان ژن در بافت ها و نمونه های مختلف با تکنیک RNA-Seq
Pathways: مشاهده مسیرهای سیگنالی که ژن مربوطه در آن دخیل می باشد.
Other Names: مشاهده سایر اسم های ژن مورد بررسی
در جدول فوق نیز می توانید با کلیک بر روی هر پایگاه داده اطلاعات مربوط به ژن مورد بررسی را در سایر پایگاه های زیستی مشاهده نمایید.
آموزش بررسی بیان ژن ها در بافت های مختلف با داده های RNA-seq در سایت ucsc
در بخش RNA-Seq Expression می توان اصلاعات مربوط به بیان ژن مربوطه را در نمونه های مختلف که با روش RNA-Seq بررسی شده است مشاهده نمود. در نمودار فوق داده بیان ژن برای نمونه ها و بافت های مختلف به صورت جعبه ای نمایش داده می شود میزان بیان ژن ها به صورت RPKM نمایش داده شده است که مقادیر بالاتر به معنی بیان بالاتر ژن در ان بافت می باشد.
آموزش تعیین عملکرد مولکولی و هم چنین فرایندهای زیستی (Gene Ontology ) ژن ها
برای تعیین عملکرد مولکولی و هم چنین فرایندهای زیستی که ژن مورد نظر در آن شرکت دارد می توان در قسمت Gene Ontology (GO) Annotations with Structured Vocabulary لیست عملکرد مولکولی (در بخش Molecular Function: ) و فرایندهای زیستی که ژن مورد نظر در آن شرکت دارد (در بخش Biological Process) را مشاهده نمود.
آموزش تعیین مسیرهای سیگنالی (signaling pathway) مرتبط برای ژن ها
برای تعیین مسیرهای سیگنالی که ژن مورد نظر در آن شرکت دارد می توان در قسمت Biochemical and Signaling Pathways لیست مسیرهای سلولی که ژن مورد نظر در آن شرکت دارد را مشاهده نمود.
در قسمت Other Names for This Gene می توان سایر اسم های ژن مورد نظر را مشاهده نمود.
آموزش بررسی بیان ژن ها در بافت های مختلف با داده های میکرواری (microarray) در سایت ucsc
در بخش Microarray Expression Data می توان اصلاعات مربوط به بیان ژن مربوطه را در نمونه های مختلف که با روش میکرواری بررسی شده است مشاهده نمود برای مشاهده داده های بیان ژن بر روی علامت + کلیک نمایید تا داده های زیر نمایش داده شود.
داده بیان ژن برای نمونه ها و بافت های مختلف به صورت heatmap نمایش داده می شود در قسمت
Expression ratio colors: می توان تعیین نمود که بیان بالا و بیان پایین با چه رنگی نمایش داده شود سپس در قسمت Ratio می توان بیان ژن مورد نظر را در بین نمونه های مختلف مشاهده نمود که در این مثال رنگ قرمز بیانگر بیان بیشتر ژن می باشد که ژن مورد بررسی در بافت Colon sigmoid دارای بیان بیشتری نسبت به سایر بافت ها می باشد.
آموزش شناسایی دومین های پروتئین و ساختار سه بعدی پروتئن ها
برای سناسایی خوانواده، دومین ها و ساختار سه بعدی پروتئین ها می توان از بخش Protein Domain and Structure Information استفاده نمود به این صورت که در بخش InterPro Domains می توان خاوناده دومین های پروتئینی و در بخش Protein Data Bank (PDB) 3-D Structure ساختار سه بعدی پروتئین را مشاهده نمود.
با کلیک بر روی دومین ها همانند شکل فوق توضیحات مربوط به آن دومین و یا خانواده همانند شکل زیر نمایش داده خواهد شد.
هم چنین با کلیک نمودن بر روی تصاویر سه بعدی پروتئین صفحه زیر باز خواهد شد که در آن می توانید مشخصات ساختار سه بعدی را مشاهده نمایید.
شکل فوق بیانگر ویژگی های ساختار سه بعدی پروتئین ها می باشد برای دانلود فایل ساختار سه بعدی پروتئین در قسمت Template PDB Code بر روی لینک نمایش داده شده کلیک نمایید تا صفحه زیر باز شود.
سپس در صفحه فوق زبانه 3D view را کلیک نمایید تا ساختار سه بعدی پروتئین نمایش داده شود و با کلیک بر روی گزینه Download Files فایل PDB مربوط به ساختار سه بعدی پروتئین دانلود خواهد شد.
