بررسی کیفیت پرایمرها با استفاده از نرم افزار Oligo analyzer (IDT)

تا کنون بسیار پیش امده که محققی پرایمرهای خود را مقالات انتخاب نماید حال این سوال پیش می آید که پرایمرهای انتخاب شده تا چه حد قابل اعتماد می باشند. ما در پست آموزشی که قبلا در سایت و یا کانال قرار داده بودیم اشاره کردیم که بررسی کیفیت پرایمر ها شامل 4 مرحله می باشد و آموزش های لازم برای 3 مرحله را در سایت آموزش داده ایم. اکنون به بررسی کیفیت ساختاری پرایمرها خواهیم پرداخت.

این اصول شامل ویژگی هایی مانند طول پرایمر، دمای Tm، Ta ، مقدار و درصد بازهای GC ، نحوه اتصال نوکلئوتیدهای انتهایی پرایمر می باشد. که این آموزش این ویژگی ها را می توانید به صورت کامل در سایت مشاهده نمایید. برای بررسی اصول ساختاری پرایمرها از نرم افزار IDT يا همان Oligo analyzer استفاده می کنیم.

IDT يا همان Oligo analyzer ، به ما کمک مي کند تا تمام ويژگي هاي پرايمر را از نظر تشکيل self-dimer و hetero-dimer و hair-pin بررسي نماييم. به عنوان مثال فرض کنید یک جفت پرایمر را از یک مقاله انتخاب کرده اید و میخواهید که ویژگی های آن ها را بررسی نمایید.

شکل 1: نماي صفحه ي ابتدايي IDT به اين شکل است.

شکل 1 بزرگنمایی شده: ابتدا پرایمر اول را در این قسمت وارد نموده و بعد از انتخاب اسم برای ان (برای مثال forward) در پایین کادر گزینه add primer را کلیک می کنیم.

شکل 2: سپس پرایمر دوم را وارد نموده و انتخاب اسم برای ان (برای مثال reverse). برای بررسی پرایمرهابه تنهایی گزینه properties زیر هر پرایمر را کلیک میکنیم (شکل 3) و برای بررسی تشکیل ساختار های ثانویه دو پرایمر با یکدیگر از گزینه multiplex All استفاده میکنیم (شکل 4)

شکل 3: مشخصات پرایمر forward مانند دمای اتصال و ساختارهای ثانویه ان. جهت بررسي تشکيل شدن self-Dimer ، به Delta G توجه مي کنيم. Delta G تا -9.5 تداخلي با انجام صحيح PCR ايجاد نخواهد کرد. اما Delta G هاي منفي تر معمولا مشکل ساز خواهند بود.

شکل 4: بررسی تشکیل ساختار های ثانویه دو پرایمر با یکدیگر،Gen

ویژگی های پرایمر مناسب برای PCR

از بین پرایمرها تنها پرایمرهایی مناسب می باشد که دارای یک سری ویژگی های خاص باشند به کار بردن این اصول در انتخاب پرایمر، اختصاصیت و حساسیت PCR را بهبود می بخشد. این اصول شامل ویژگی هایی مانند طول پرایمر، دمای Tm، Ta ، مقدار و درصد بازهای GC ، نحوه اتصال نوکلئوتیدهای انتهایی پرایمر می باشد. آموزش اصول طراحی پرایمر را می توانید در این قسمت مشاهده نمایید. و بوسیله آن و نرم افزار فوق پرایمر های مناسب را انتخاب نمایید.

 

[divider]