یکی از تفاوت های میکروارناها (microRNA) و siRNA منشا ساخت آن ها می باشد. میکروارناها در پاسخ به ژن داخلی و محصوالت حاصل از ژنوم خود ارگانیسم دیده شده اما تولید siRNA در اصل مبدا خارجی داشته و مستقیما از ویروسها، ترانسپوزنها و ژنهای خارجی ایجاد می شوند.

تفاوت دیگر بین میکروارنا  و siRNA در نحوه اتصال به رشته هدف میباشد. همانگونه که در شکل فوق مشاهده می شود اتصال siRNA به رشته هدف کامل می باشد اما در جانوران اتصال میکروارنا به رشته هدف شامل چند باز انتهای 5 پریم میکروارنا می باشد که به این بازها ناحیه seed هم گفته میشود. علاوه براین میکروارناها معمولا به انتهای 3 پریم utr توالی mRNA متصل می شوند اما siRNA به ناحیه کد کننده mRNA.

معمولا میکروارناها به صورت پیش سازهای دارای ساقه-حلقه که جفت شدگی دو رشته کامل نمیباشد دیده میشوند اما siRNAها دارای دو رشته با جفت شدگی کامل می باشند.

شکل فوق بیانگر مکانیسم سنتز و عملکرد میکروارناها و siRNAها می باشد.

علاوه براین اتصال siRNAها به توالی هدف منجر به برش و هضم آنزیمی توالی می شود اما در جانوران اتصال میکروارناها به 3 پریم utr توالی هدف مانع از ترجمه توالی به پروتئین می شود. اما در صورتی که اتصال میکروارنا به توالی هدف کامل باشد می تواند سبب برش و هضم آنزیمی توالی هدف نیز گردد.

به صورت خلاصه شناسایی siRNAها و miRNAها به دو گونه صورت میگیرد، نخست اینكه miRNAها در پاسخ به ژن داخلی و محصوالت حاصل از ژنوم خود ارگانیسم دیده شده اما تولید siRNA در اصل مبدا خارجی داشته و مستقیما از ویروسها، ترانسپوزنها و ژنهای خارجی ایجاد می شوند. دوما miRNAها به صورت پیش سازهای دارای ساقه-حلقه که جفت شدگی دو رشته کامل نمی باشد دیده میشوند اما siRNAها به صورت برشهای طویل دو رشتهای با جفت شدگی کامل می باشند جهت ایجاد این دو گروه از RNAهای کوچک و فعالیتهای خاموشی موثر به ترتیب نیاز به آنزیم های دایسر و پروتئین های Ago می باشد.