در سالهای اخیر نگاهها به بیولوژی مولكولهای RNA معطوف شده و به کشف RNA های غیر کدشونده 22-32 توکلوتیدی تنظیم کننده ژن و ژنوم منجر شده است. این موارد تنظیمی میتواند در سطوح متفاوتی از فعالیت ژنوم مانند ساختار کروماتین، تفكیک کروموزومی، رونویسی، پردازش، پایداری RNA و ترجمه آن صورت میگیرد. تاثیرات RNA های کوچک در کنترل و بیان ژن عموما بازدارنده بوده و مكانیسم های تنظیمی مرتبط در زیر مجموعه خاموشی RNA دسته بندی میشوند. این RNAها را به دلیل تفاوت در ساختار و نقش های زیستی و پروتئین های تاثیرگذار همراه به سه دسته
RNAهای کوتاه مداخله گر siRNAs،
MicroRNAها ،
و RNAهای برهمکنشگر PIWI یا piRNA تقسیم می شوند.
siRNAها و miRNAها از لحظ فیزیولوژی و فیلوژنتیكی مطالعه شده و به خاطر طبیعت دو رشته ای پیش ساز خود، قابل تشخیص هستند. piRNAها نخستین بار در حیوانات یافت شدند که کاربردشان بیشتر در الینهای جنینی نشان داده شده و پیش سازشان کمتر شناخته شده اما به صورت تک رشته ظاهر میشوند. siRNAها به پروتئینهای آرگونات موسوم به Ago در حالی که piRNA به خانواده piwi اتصال مییابند. در تمام نمونه ها، شناسایی ژنها جهت خاموش شدن به صورت اختصاصی توسط RNAهای کوچک که هدف خود را با جفت شدن بازهای واتسون- کریک شناسایی میشناسند، انجام میپذیرد و شناسایی siRNAها و miRNAها به دو گونه صورت میگیرد، نخست اینكه miRNAها در پاسخ به ژن داخلی و محصوالت حاصل از ژنوم خود ارگانیسم دیده شده اما تولید siRNA در اصل مبدا خارجی داشته و مستقیما از ویروسها، ترانسپوزنها و ژنهای خارجی ایجاد میشوند. دوما miRNAها به صورت پیش سازهای دارای ساقه-حلقه که جفت شدگی دو رشته کامل نمیباشد دیده میشوند اما siRNAها به صورت برشهای طویل دو رشتهای با جفت شدگی کامل می باشند جهت ایجاد این دو گروه از RNAهای کوچک و فعالیتهای خاموشی موثر به ترتیب نیاز به آنزیمهای دایسر و پروتئین های Ago می باشد.
