برای بررسی کمی کیفیت و همچنین تعیین کمیت DNA اســتخراج شــده از دســتگاه نانودراپ می توان استفاده نمود، همچنین می توان با استفاده از ژل الکتروفورز آگارز کیفیت DNAها ا ستخراج شده را به صورت کیفی و یا چشمی مورد بررسی قرار داد.
روش اسپکتوفتومتری برای بررسی کیفیت DNA های استخراج شده با استفاده از دســـتگاه نانودراپ
در این روش از دســـتگاه نانودراپ که روش کار آن مبتنی بر جذب طول موج نور در محدوده معین (سپکتروفتومتری) از غلظت مختلف مواد است، استفاده می شود. این دستگاه براساس طول موج عبوری از نمونه مورد نظر غلظت و کیفیت DNA را تعیین میکند. این دستگاه متصل به رایانه ا ست و نتایج حا صل را به صورت عددی و تر سیم نمودار نشان میدهد. در این روش تعیین خصوصیات کیفی DNA با خواندن نســبت A260/A280 صــورت میگیرد که درآن میزان جذب نور برای DNA در طول موج 260nm اندازهگیری و مقدار DNA تعیین میشــود. بهترین حالت OD260/OD280 حدود 1/8-2 اســت که مقادیر کمتر از 1/8 نشــانه آلودگی پروتئینی و دیگر جذب کننده های اشــعه ماوراء بنفش اســت. نســبت بیشــتر از 2 هم نشــانه وجود RNA زیاد در نمونه اســت.
بررسی کیفیت DNA های استخراج شده با استفاده از ژل الکتروفورز آگارز
آگارز از نوعی جلبک دریایی قرمز استخراج شده و یک پلیمر خطی است. برای الکتروفورز اکثر اسیدهای نوکلئیک، آگارز با خاصیت الکتروآندسموز پائین برای تولید ژلهای با قدرت زیاد و شفافیت لازم است. از مشخصه های آگارز خوب، باید فاقد بازدارندهها و نوکلئاز بوده که حفظ حداقل جذب فلئورانس هنگام رنگ آمیزی با لودینگ بافر را داشــته باشــد.
کمیّت و درجه تخریب DNA را میتوان بوســیله الکتروفورز DNA بر روی ژل آگارز نیز مشخص کرد. معموال DNA با وزن مولکولی زیاد بر روی آگارز به صورت یک باند مشاهده می شود. در این روش مقدار کمی DNA را میتوان با DNA مارکر مقایسه نمود. نحوه عمل به صورت زیر میباشد. ژل آگارز بر حسب اندازه قطعه مورد نظر تهیه می شود، هر چه قطعه DNA بزرگتر باشد در صد ژل را کمتر میگیرند و بر عکس اگر قطعه کوچک باشد درصد ژل را زیادتر میگیرند. با افزایش درصد آگارز، منافذ کوچکتری در ژل ایجاد شــده و حرکت DNA آهســته تر میشــود. معموال برای دیدن DNA ژنومی از ژل آگارز 0.5-1 درصــد و برای محصوالت PCR بر ا ساس اندازه محلول از ژل 0.7-1در صد آگارز ا ستفاده میگردد.
وجود باند پر رنگ و بدون اسمیر و با کیفیت بالا بیانگر این موضوع می باشد که عمل استخراج DNA به خوبی انجام شده است. همچنین نبودن آلودگیهای مربوط به پروتئینها و RNA در نمونه ها و عدم وجود باند اضافی در پایین ژل نشاندهنده عدم وجود ناخالصی مربوط به اسیدهای نوکلئیک دیگر در نمونه ها می باشد.
