انواع روش های خاموش نمودن یک ژن و یا کاهش بیان ژن برای بررسی عملکرد آن در این قسمت ارائه گردیده است.
خاموشی ژن را به دو دسته تقسیم می کنند:
دسته اول خاموشی ژن بر اثر هتروکروماتین شدن DNA( Heterochromatin) است.
این اصطلاح در مقابل کروماتین فعال (Euchromatin) که در آن ژنها فعالانه بیان می شوند به کار می رود. در این نوع از خاموشی ساختار کروماتین از نظر شکل ظاهری تغییر کرده و متراکم می شود و گروههای آمینی پروتئین های هیستونی در محل هتروکروماتین داستیله می شوند (deacetylated histones). این تغییرات در مجموع مانع از نسخه برداری ژن می گردد.
دسته دوم خاموشی ژن مبتنی بر مشابهت در توالی می باشد. که با عنوان HDGS مطرح می شود (Homology depended gene silencing).
بسته به سطحی که در آن خاموشی رخ می دهد دو نوع از (HDGS) تشخیص داده شده است:
1- خاموشی ژن در سطح رونویسی (Transcriptional gene Silencing) ( TGS).
2- خاموشی ژن در سطح پس از رونویسی (Post – Transcriptional gene Silencing ) ( PTGS)
خاموشی ژن در سطح نسخه برداری (TGS) :
به طور کلی TGS نتیجه بر هم کنش ژن هایی است که در نواحی پروموتری خود دارای تشابه هستند که با افزایش متیلاسیون ناحیه پروموتر همراه می باشد. TGS توارث پذیری میوزی دارد و می تواند ازطریق میوز به نسل بعد منتقل شود. تراژنها اغلب در نوکلئوتیدهای سیتوزینی متیله می شوند و توالی CG یاCNG از اهداف کلاسیک متیلاسیون DNA می باشد.
لازم به ذکر است متیلاسیون به دو نوع تقسیم می شود:
متیلاسیون متقارن: در صورتی که متیلاسیون در دو رشته DNA به صورت متقارن صورت گیرد متیلاسیون را متقارن می گویند.
متیلاسیون نامتقارن: در صورتی که متیلاسیون بر روی دو رشته DNA به صورت متقارن نباشد متیلاسیون نامتقارن می گویند. متیلاسیون نامتقارن ابتدا در تراریختهای خاموش شده در قارچ های رشته ای و گیاهان شناسایی گردیدند. متیلاسیون DNA مانع از نسخه برداری و باعث خاموشی ژن می گردد.
خاموشی ژن پس از نسخه برداری (PTGS):
خاموشی ژن پس از نسخه برداری در گیاهان با PTGS در قارچ ها با نام فرونشانی Quelling و درحیوانات به نام تزاحم RNA یا (RNAi) شناخته می شود. در گیاهان خاموشی در سطح پس از نسخه برداری می تواند توسط ویروس نیز القا شود که به آن خاموشی ژن القا شده توسط ویروس یاVirus Induced gene silencing (VIGS)گفته می شود. مشخصه عمومی PTGS در همه موجودات کاهشی اختصاصی در سطح mRNA ژن داخلی و ژن مشابه وارد شده می باشد. در واقع بیشتر پدیده های PTGS با استفاده از خاصیت کاهش فعالیت ژن داخلی شناسایی شده است.
