مکانیسم RNAهای مداخله گر یا RNAi در خاموش سازی ژن ها در سطح رونویسی در این قسمت توضیح داده شده است.
مطالعات انجام شده بر روی فرآیند TGS نشان دهنده نقش داشتن پدیده RNAi در متیلاسیون و خاموشی ژن در سطح نسخه برداری است. در واقع فرآیند TGS توسط همان مولکولهایی القا می شود که منجر به PTGS می شوند اما در این جا نتیجه به جای تخریب mRNA غیر فعال سازی ژن برای نسخه برداری است.
در فرآیند TGS ، پس از این که ساختارهای RNA دو رشته ای توسط Dicer به siRNA تبدیل شدند، این قطعات دو رشته ای کوچک به ترکیبی به نام ARC یا Argonaute chaperone متصل میشوند وظیفه پروتئین آنزیمی Argonaute متصل شدن به انتهای ۳ پریم siRNA می باشد.
هم چنین این آنزیم منجر به تک رشته ای شدن siRNA می شود. RNA ARC تک رشته ای را به یک کمپلکس آنزیمی به نام RNA – Induced transcriptional silencing ) RITS) منتقل می کند. این کمپلکس آنزیمی دارای سه نوع پروتئین آنزیمی به نام های Tas3 وChpt و Agol می باشد. Agol به siRNA تک رشته ای متصل می شود و آن را به ناحیه همولوگ بر روی RNA که در حال نسخه برداری است هدایت می کند، پس از جفت شدن بازهای مکمل، ترکیب RITS باعث هدایت یک آنزیم متیل ترانس فراز به نام Clr4 یا Circ به محل می شود که این آنزیم منجر به متیلاسیون به خصوص باز آلى سیتوزین می شود و بازهای متیله نسخه برداری نمی شوند که این فرآیند باعث خاموشی یا بیان پایین ژن مربوطه می گردد. پس از متیلاسیون DNA این امر موجب انتقال ترکیبی به نام (Histone deacetylase) HDAC به محل متیله شده می گردد. این ترکیب منجر به داستیله شدن پروتئین های هیستونی در محل می۔ شود. داستیله شدن هیستونها باعث محکم تر شدن اتصال RITS به کروماتین می شود و Chpl با هیستون متیله شده ارتباط محکم تری پیدا می کند هم چنین داستیله شدن باعث متراکم شدن کروماتین و به عبارتی تشکیل هتروکروماتین می شود.
قرار گرفتن siRNA تک رشته ای بر روی ناحیه مشابه در mRNA باعث ایجاد سر ۳ آزاد برای فعالیت آنزیم Rdpi که یک نوع RNA – dependent RNA polymerase است می شود که نتیجه آن ایجاد dsRNA است که توسط آنزیم ( Deri ( Dicer به siRNA دو رشته ای تبدیل می شود و چرخه تکرار می شود هر چه تعداد siRNA افزایش یابد میزان متیلاسیون DNA نیز افزایش می یابد.
در برخی مدل ها به عنوان مثال در گیاهان ذکر شده است که TGS و تحریک متیلاسیون DNA از طریق جفت شدن مستقیم siRNA با ناحیه مشابه خود بر روی DNA صورت می گیرد و ایجاد ترکیب RNA – DNA منجر به متیله شدن DNA توسط آنزیم های متیل ترانس فراز می شود از جمله این آنزیم ها می توان به گروه های CMT ، DRM و MET1 اشاره کرد و متیلاسیون نیز باعث توقف یا کاهش نسخه برداری می شود که این فرآیند به عنوان عامل دفاعی بر علیه DNAهای مضر نظیر رتروویروس ها و ترانسپوزونها شناخته می شود.
