آشنایی با سایت PSORT برای شناسایی و پیش بینی بیوانفورتیکی محل قرار گیری پروتئین ها در سلول

 

یکی از نکات بسیار مهم در شناسایی عملکرد پروتئین ها شناسایی محل فعالیت پروتئین ها در سلول ها می باشد. جایگیری پروتئین ها در میتوکندری ، کلروپلاست، سیتوپلاسم و یا هسته روشن کننده نقش هر پروتئین می باشد. با استفاده از سایت PSORT به آدرس زیر می توان به صورت بیوانفورماتیکی و با شناسایی توالی های سیگنال موجود در توالی پروتئین ها محل عملکرد پروتئین ها را شناسایی نمود.

http://www.psort.org/

از کاربردهای این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره نمود:

پیش بینی جایگیری پروتئین ها در باکتری ها

پیش بینی جایگیری پروتئین ها در ارکی ها

پیش بینی جایگیری پروتئین ها در حیوانات

پیش بینی جایگیری پروتئین ها در گیاهان

پیش بینی جایگیری پروتئین ها در قارچ ها

پنجره فوق، صفجه اصلی نرم افزار PSOR را نشان می دهد. در این صفحه باید انتخاب نمایید که توالی پروتئینی با چه نرم افزاری باید مورد بررسی قرار گیرد

نرم افزار PSORTb v.3.0 مر بوطه به بررسی توالی پروتئینی مربوطه به باکتری ها و ارکی می باشد

نرم افزار WoLF PSORT مر بوطه به بررسی توالی پروتئینی مربوطه به یوکاریوت ها می باشد که شامل حیوانات، گیاهان و قارچ ها است

آموزش پیش بینی جایگیری پروتئین ها در باکتری ها و ارکی ها به وسیله نرم افزار PSORTb v.3.0

در صفحه فوق نرم افزار PSORTb قرار دارد که می توان جایگیری پروتئین ها در سلول با کتری ها یا ارکی ها را پیش بینی نمود

در بخش Choose an organism type (?): باید انتخالبنمود که توالی مربوطه به باکتری ها و یا ارکی ها می باشد

در بخش Choose Gram stain (?): باید تعیین نمود که باکتری از نوع گرم منفی و یا گرم مثبت می باشد

سپس توالی پروتئینی را با فرمت FASTA وارد نمایید و بر روی Submid کلیک نمایید.

نتایج در سه بخش Analysis Report:، Localization Scores: و Final Prediction: ارائه می گردد. در بخش Analysis Report وجود سیگنال های مربوطه برای جایگیری پروتئین ها در سلول ها بررسی شده است و نتیجه وجود و یا عدم وجود سیگنال های مختلف در پروتئین ارائه می شود

در بخش Localization Scores: امتیاز محاسبه شده برای جایگاه مختلف مانند سیتوپلاسم، دیواره سلولی، غشا و .. ارائه شده است هر چه امتیاز بالاتر باشد احتمال قرار گرفتن پروتئین در آن قسمت بیشتر است.

و در قسمت Final Prediction: محل قرار گیری پروتئین که دارای بیشترین احتمال می باشد ارائه می گردد. به احتمال فراوان پروتئین فوق ار نوع خارج سلولی و ترشحی می باشد.

آموزش پیش بینی جای گیری پروتئین ها در انسان، حیوانات، گیاهان و قارچ ها به وسیله نرم افزار WoLF PSORT

در صفحه فوق نرم افزار WoLF PSORT قرار دارد که می توان جایگیری پروتئین ها در سلول یوکاریوت ها را پیش بینی نمود

ابتدا باید در بخش Please select an organism type: مشخص نمود پروتئین مورد بررسی به چه دسته ای تعلق دارد

سپس در قسمت Please select input method: گزینه From Text Area را انتخاب نمایید.

سپس توالی پروتئینی را در کادر مربوطه با فرمت FASTA وارد نمایید و بر روی Submid کلیک نمایید.

شکل فوق نتایج بررسی توالی پروتئین را به صورت خلاصه شده نشان می دهد گزینه extr به معنی Extracellular matrix، گزینه chlo به مفهوم Chloroplast، گزینه cyto به مفهوم سیتوپلاسم، گزینه nucl به معنی هسته و گزینه vacu به معنی Vacuolar می باشد. هر گزینه ای که امتیاز بیشتری داشته باشد به احتمال قویتری پروتئین در آن قسمت جایگیری خواهد نمود.

با کلیک بر روی گزینه details می توانید جزئیات بیشتری را برای پیش بینی صورت گرفته مشاهده نمایید

در جدول فوق می توانید محل پیش بینی شده برای جایگیری پروتئین را به صورت دقیقتر مشاهده نمایید. با توجه به جدول فوق احتمال ترشحی بودن پروتئین مربوطه بیشتر از سایر گزینه ها می باشد.