آشنایی با پایگاه های ارائه دهنده داده های بیانی ژن ها و میکروRNAها
با استفاده از تکنولوژی های جدید و گاها کمی قدیمیتر مانند microarray و NGS اکنون بررسی بیان همه ژن های شناخته شده به همراه واریانت های ان ها به صورت بسیار وسیعی صورت گرفته و در حال انجام می باشد. بررسی بیان ژن ها در زمینه هایی مانند سرطان ها، انواع بیماری ها، مراحل مختلف تکوین یک گونه، بافت های مختلف انجام گرفته است. بنابراین اگر پایان نامه شما بررسی بیان یک ژن و یا میکروRNA خاص در بین افراد مبتلا به یک سرطان و یا بیماری خاص با افراد سالم می باشد بهتر است اول سری به این پایگاه های داده بیندازید. درصورتی که کمی شانس بیاورید حتما می توانید مطالعه ای که تمام ژن ها را در بیماری مورد نظر شما مورد بررسی قرار داده باشد پیدا نمایید و با بررسی داده های خام مطالعه یافت شده می توانید اطلاعات نسبی را در مورد میزان تغییر بیان ژن مورد نظر خود در افراد بیمار و کنترل یافت کنید. اصول کار اینگونه است که داده های microarray به دو دلیل نیاز به تایید شدن توسط سایر تکنیک های حساس تر مانند real time دارند . اول اینکه میزان خطا در روش microarray مقداری بالا بوده و دوم اینکه به دلیل هزینه بالا تعداد نمونه هایی که توسط microarray ها بررسی میکنند کم است. پس با بررسی پایگاه های ارائه دهنده داده های بیانی ژن ها و میکروRNAها می توان ژن مورد نظر خود را انتخاب و بررسی های بعدی را با روش های حساستر مانند real time برروی آن انجام داد.
در صورتی که شما به بررسی ارتباط SNPای که در پروموتور ژن قرار گرفته است با بروز یک بیماری می پردازید، فرضیه شما این است که چون این SNP در پروموتر قرار گرفته است می تواند سبب تغییر در اتصال ترانسکریپشن فاکتورها و در نتیجه تغییر در بیان ژن گردد و این تغییر در بیان ژن با بروز بیماری در ارتباط است. پس شما می توانید اختلاف در بیان این ژن را در بین گروه شاهد و بیمار در این پایگاه های داده بررسی نمایید. اگر بیان ژن در دو گروه متفاوت بود فرضیه شما می تواند درست باشد.
در صورتی که شما میخواهید به بررسی ارتباط SNPها با بروز یک بیماری بپردازید اما هنوز SNP مورد نظر خود را انتخاب نکرده اید می توانید ابتدا به این پایگاه ها داده رفته و ژن هایی را که بین گروه شاهد و بیمار تغییرات بیانی دارند انتخاب نمایید سپس ببینید پروموتر کدام ژن داری SNPای می باشد که در پروموتور آن قرار گرفته است. به احتمال زیاد این SNP می تواند دلیل تغییر بیان ژن ها باشد، و تغییر بیان این ژن ها نیز با بروز بیماری مرتبط است زیرا بین دو گروه تغییرات بیانی نشان میدهد. بنابراین SNPیافت شده می تواند یک کاندید مناسب برای بررسی های بیشتر باشد
