در این آموزش ابتدا نحوه دریافت توالی یک اگزون از ژن در یاپگاه داده NCBI آموزش داده شده است، در ادامه نحوه طراحی پرایمر برای توالی یابی این قطعه با استفاده از نرم افزار primer 3 ارائه شده است.
اولین مرحله برای طراحی پرایمر به دست آوردن توالی ژن هدف می باشد، برای موجوداتی که توالی ژنوم آن ها در دسترس نمی باشد می توان با استفاده از دادههای RNAseq توالی ژن هدف را شناسایی نمود و برای این توالی طراحی پرایمر نمود.
بانک اطلاعاتی mirbase پایگاه جامعی از اطلاعات مربوط به توالی‌های میکروارناها می‌باشد که به آدرس mirbase.org در دسترس است. با جستجو در این پایگاه می توان توالی میکروارنا در همه گونه ها را به دست آورد.
نرم افزار RNAhybrid یک ابزار بیوانفورماتیکی برای شناسایی ژن های هدف میکروارناها می باشد. علاوه براین با استفاده از این نرم افزار میتوان ساختار و نحوه اتصال میکروارناها به ژن هدف را به صورت کمی مورد بررسی قرار داد.
تا کنون با روش های آزمایشگاهی و به صورت تجربی بسیاری از ژن های هدف میکروارناها شناسایی و تایید شده اند. در این قسمت میتوانید میانکنشهای تایید شده بین میکروارنا ها و ژن های هدف را از پایگاه tarbase دانلود نمایید.
تا کنون با روش های آزمایشگاهی و به صورت تجربی بسیاری از ژن های هدف میکروارناها شناسایی و تایید شده اند. در این قسمت میتوانید میانکنشهای تایید شده بین میکروارنا ها و ژن های هدف را از پایگاه miRecords دانلود نمایید.
تا کنون با روش های آزمایشگاهی و به صورت تجربی بسیاری از ژن های هدف میکروارناها شناسایی و تایید شده اند. در این قسمت میتوانید میانکنشهای تایید شده بین میکروارنا ها و ژن های هدف را از پایگاه mirtarbase دانلود نمایید.
RNAi یک فرآیند بیولوژیکی است که در آن مولکولهای RNA از طریق تجزیه مولکولهای mRNA خاص از بیان آن ژن ممانعت می کنند. این روش به عنوان ابزار ارزشمندی در ژنتیک معکوس برای بررسی عملکرد ژن از طریق کاهش بیان آن نقش دارد.
RNAi به عنوان جدیدترین و کارآمدترین ابزار خاموش کردن بیان ژنها و کشف عملکرد آنها شناخته شده است. مهم ترین اجرای روش RNA مداخله گر (RNAi) عبارتند ازsiRNA ، DICER ، dsRNAو RISC می باشند.
میکروارنا و siRNA هر دو RNA های غیر کدشونده 19-32 نوکلوتیدی می باشند که از اجزای کلیدی تنظیم بیان ژن در گیاهان و جانوران محسوب میشوند. اما این دو در منشا و مکانیسم عملکردی خود دارای تفاوت هایی میباشند.
